BSepDB：一个包含细菌硒蛋白基因及相应蛋白质的数据库

《BMC Genomics》：BSepDB: a database of bacterial selenoprotein genes and proteins

　　

摘要

背景

硒蛋白是一类在结构和功能上都具有特殊性的蛋白质，它们在特定生物体中参与细胞抗氧化防御以及多种其他重要的生物过程。这些蛋白质的活性位点含有第21种氨基酸——硒半胱氨酸（Sec），该氨基酸通过一种翻译重编程机制由编码为UGA终止密码子的基因编码。由于UGA密码子的双重功能，硒蛋白基因在基因组数据库中经常被错误识别或标注不准确，尤其是在细菌中，因为细菌中的硒蛋白比真核生物中的硒蛋白具有更高的复杂性和多样性。因此，迫切需要一个全面的资源来帮助准确识别不同细菌基因组中的硒蛋白基因。

结果

我们开发了BSepDB，这是一个专门用于系统化管理细菌硒蛋白基因和蛋白质的数据库，为研究界提供了丰富的资源。当前版本（BSepDB v. 1.0）包含了来自16,621种细菌的超过57,000条硒蛋白条目，是目前规模最大、分类最多样化的细菌硒蛋白数据库。为了方便数据查询，BSepDB提供了多种用户友好的界面，例如交互式浏览和搜索工具、集成的BLAST搜索功能以及批量数据下载选项。此外，BSepDB中的条目还与已建立的基因组数据库（如GenBank和RefSeq）进行了交叉引用，以提高大规模基因组项目中硒蛋白注释的准确性。

结论

BSepDB为研究细菌中硒的利用及硒蛋白功能多样性的研究人员提供了宝贵的资源。该数据库可免费访问：https://bsepdb.metalbioinfolab.net