对中国浙江省发现的一种耐碳青霉烯类抗生素的弗氏柠檬酸菌（Citrobacter freundii）进行全面的基因组分析，并对其携带的blaKPC?2和blaNDM?1基因进行了表征

《BMC Microbiology》：Comprehensive genomic analysis of carbapenem-resistant Citrobacter freundii and characterization of a co-carrying blaKPC?2 and blaNDM?1 isolate in Zhejiang Province， China

　　

摘要

背景

尽管耐碳青霉烯类抗生素的Citrobacter freundii（CRCF）在临床上的重要性不容忽视，但其耐药基因组学特征仍知之甚少。本研究系统地分析了临床CRCF菌株的基因组特征和进化情况，并对一条同时携带bla_KPC?2和bla_NDM?1基因的菌株进行了详细检测。

方法

本研究从中国的多家三级医院收集了CRCF临床菌株，并获取了它们的基本临床数据。通过抗菌药物敏感性测试和质粒接合转移实验对这些菌株进行了表型鉴定。生物信息学分析基于全基因组测序数据展开。

结果

来自中国浙江省的37株CRCF菌株的临床数据显示，感染主要发生在老年患者（≥70岁，占65%）以及重症监护室（ICU）等高风险科室。大多数菌株是从尿液样本中分离出来的（67%）。抗菌药物敏感性测试显示这些菌株对碳青霉烯类抗生素和大多数β-内酰胺类抗生素具有高度耐药性，而对阿米卡星的中等敏感性为21.6%；未检测到对替加环素和多粘菌素的耐药性。耐药机制分析表明，97.3%的菌株携带bla_NDM基因，所有菌株均含有bla_CMY基因。IncX3（59.5%）、IncFIB（54.1%）和IncFII（51.4%）是最常见的质粒类型。多重序列分型（MLST）鉴定出17个序列类型，其中ST22和ST116最为普遍。这两种序列类型都携带bla_NDM?1基因，在系统发育上呈簇状分布，并且在2019年至2024年间持续被分离出来，表明存在长期的克隆传播。对一株同时携带bla_KPC?2和bla_NDM?1基因的罕见菌株（T1001）进行的全基因组分析证实，这两种基因均位于接合质粒上，IS26和ISKpn19质粒参与了它们的整合。

结论

中国浙江省CRCF的传播既受到成功克隆谱系（ST22、ST116）的克隆扩增驱动，也受到耐药质粒的水平传递驱动。这些克隆从2019年持续存在至今，携带bla_NDM?1基因，并且IncX3和IncFIB质粒的携带率较高，这表明这些复制子类型可能与主导克隆之间存在关联。虽然阿米卡星、替加环素和多粘菌素在体外仍然有效，但耐药基因复杂的重组机制——尤其是IS26/ISKpn19介导的模块化传播方式——构成了严重的院内感染威胁。亟需加强感染控制措施，以遏制这些多重耐药细菌及其耐药质粒的传播。