先天性白内障胎儿中RAB3GAP2 novel splice site变异的功能分析

《BMC Medical Genomics》：Functional analysis of a novel splice site variant of RAB3GAP2 in a fetus with congenital cataracts

　　

摘要

背景

RAB3GAP2基因的突变与Martsolf综合征1相关，该综合征表现为出生后小头畸形、先天性白内障和发育迟缓。在一例患有先天性白内障的胎儿中发现了两种RAB3GAP2的复合杂合变异。本研究旨在评估RAB3GAP2变异c.304?+?5G?>?T的致病性。

方法

通过超声波检查评估胎儿的晶状体。使用全外显子组测序（WES）来识别RAB3GAP2中的剪接变异，并通过Sanger测序验证结果。利用包括Mutation Taster、Combined Annotation Dependent Depletion、Splice AI、NetGene2、SpliceRover和Alternative Splice Site Predictor在内的生物信息学工具预测致病性。还通过反向 transcription PCR（RT-PCR）检测外周血白细胞中的RAB3GAP2转录本，并通过minigene分析该变异对剪接的影响。

结果

超声波检查显示两个胎儿的晶状体回声增强，这与先天性白内障相符。WES识别出两种RAB3GAP2的复合杂合变异：c.812–2?A?>?G（rs556159021）和c.304?+?5G?>?T。本研究重点关注RAB3GAP2变异c.304?+?5G?>?T。计算机模拟分析表明，该变异会破坏内含子3中的供体剪接位点。RT-PCR分析发现转录本异常，表现为外显子3的跳跃。minigene分析显示，RAB3GAP2 c.304?+?5G?>?T变异在HEK293T和HeLa细胞中影响了mRNA的剪接。

结论

RAB3GAP2的剪接变异（NM_012414.4:c.304?+?5G?>?T）可能导致异常剪接和蛋白质截断。这些发现为未来受影响家庭中关于先天性白内障的遗传咨询提供了有价值的信息。

背景

RAB3GAP2的突变与Martsolf综合征1相关，该综合征表现为出生后小头畸形、先天性白内障和发育迟缓。在一例患有先天性白内障的胎儿中发现了两种RAB3GAP2的复合杂合变异。本研究旨在评估RAB3GAP2变异c.304?+?5G?>?T的致病性。

方法

通过超声波检查评估胎儿的晶状体。使用全外显子组测序（WES）来识别RAB3GAP2中的剪接变异，并通过Sanger测序验证结果。利用包括Mutation Taster、Combined Annotation Dependent Depletion、Splice AI、NetGene2、SpliceRover和Alternative Splice Site Predictor在内的生物信息学工具预测致病性。通过反向 transcription PCR（RT-PCR）检测外周血白细胞中的RAB3GAP2转录本，并通过minigene分析该变异对剪接的影响。

结果

超声波检查显示两个胎儿的晶状体回声增强，这与先天性白内障相符。WES识别出两种RAB3GAP2的复合杂合变异：c.812–2?A?>?G（rs556159021）和c.304?+?5G?>?T。本研究重点关注RAB3GAP2变异c.304?+?5G?>?T。计算机模拟分析表明，该变异会破坏内含子3中的供体剪接位点。RT-PCR分析发现转录本异常，表现为外显子3的跳跃。minigene分析显示，RAB3GAP2 c.304?+?5G?>?T变异在HEK293T和HeLa细胞中影响了mRNA的剪接。

结论

RAB3GAP2的剪接变异（NM_012414.4:c.304?+?5G?>?T）可能导致异常剪接和蛋白质截断。这些发现为未来受影响家庭中关于先天性白内障的遗传咨询提供了有价值的信息。