《Journal of Hospital Infection》：Phylogenomics of a NDM-1-Producing Providencia stuartii Strain from Portugal Reveals Global Clinical and Environmental Reservoirs
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里塔·埃利亚斯（Rita Elias）| 米格尔·塞鲁卡（Miguel Seruca）| 瓦斯科·门德斯（Vasco Mendes）| 沃拉尼奇·欣通（Woranich Hinthong）| 桑德拉·维特维恩（Sandra Witteveen）| 里塔·卢齐奥（Rita Lúzi
里塔·埃利亚斯（Rita Elias）| 米格尔·塞鲁卡（Miguel Seruca）| 瓦斯科·门德斯（Vasco Mendes）| 沃拉尼奇·欣通（Woranich Hinthong）| 桑德拉·维特维恩（Sandra Witteveen）| 里塔·卢齐奥（Rita Lúzio）| 苏珊娜·坎皮诺（Susana Campino）| 伊莎贝尔·葡萄牙（Isabel Portugal）| 安东尼·P.A. 亨德里克斯（Antoni P.A. Hendrickx）| 塔安·G. 克拉克（Taane G. Clark）| 若昂·佩尔迪冈（Jo?o Perdig?o）
里斯本大学药学院医学研究所（iMed.ulisboa），葡萄牙里斯本
摘要
近期报告显示，欧洲范围内耐碳青霉烯类的Providencia stuartii（CRPS）感染病例显著增加。本研究通过全基因组测序，对从一名乌克兰难民中分离出的CRPS菌株（Ps5822）进行了分析，以检测其抗菌素耐药基因和复制子类型。对全球P. stuartii基因组（n=586）的系统发育分析表明：（1）产生NDM-1的Ps5822菌株与28株从乌克兰战场医疗撤离的士兵/难民中分离出的欧洲CRPS菌株属于同一群体；（2） winged insects（翅目昆虫）和废水处理厂是CRPS的重要宿主。这些发现证实该菌株起源于乌克兰，并通过人口流动得以传播。此外，这也表明CRPS在临床环境及冲突相关环境中广泛存在。
节选内容
引言
来自罗马尼亚[1]、意大利[3]、荷兰[4]以及欧洲疾病预防控制中心[5]的最新报告指出，产生新德里金属β-内酰胺酶（NDM）的Providencia stuartii感染发病率正在上升，主要引发下呼吸道感染、血流感染和伤口感染。2023年6月至9月期间，里斯本一家医院检测出一种耐碳青霉烯类的P. stuartii菌株（Ps5822）……
细菌分离株及抗菌素敏感性
2023年9月21日，从一名62岁女性的下颌骨骨髓炎穿刺样本中分离出了P. stuartii菌株Ps5822。抗菌素敏感性测试采用纸片扩散法及VITEK 2 AST-N355试剂卡进行。
全基因组测序分析
全基因组测序（WGS）使用Illumina平台按照既定方案[6]完成。组装后的Ps5822基因组通过abritAMR方法检测了抗菌素耐药基因。
表型和基因型特征确认Ps5822具有广泛的耐药性
根据EUCAST标准（v.15.0）进行的抗菌素敏感性测试显示，Ps5822对23种抗菌素中的21种（91.3%）具有耐药性。仅头孢利德考尔（cefiderocol）和阿兹特伦铵（aztreonam）仍可作为有效的治疗选择（见补充表S1）。基因组数据进一步证实了其耐药性，其中涉及氨基糖苷类（aac(2')-Ia, aac(6')-Ib3, aadA1, aph(3'')-Ib, aph(6)-Id, armA, rmtC）、β-内酰胺类（blaNDM-1, blaCMY-16, blaOXA-10）、三甲氧苄氨嘧啶（dfrA1）和磺胺类药物（sul1）的耐药机制。
讨论
自2017年以来，世界卫生组织（WHO）一直对碳青霉烯类耐药性（CR）感染的增加表示担忧，尤其是由Klebsiella pneumoniae和Esherichia coli引起的感染[10]。虽然Providencia stuartii感染较为罕见，但近年来这一趋势发生了变化，欧洲多地（包括意大利、罗马尼亚和荷兰[1],[2],[3],[4]）报告了多起CRPS暴发事件。意大利的报告还指出，P. stuartii中的IncC质粒与其他菌株存在高度相似性。
伊莎贝尔·葡萄牙（Isabel Portugal）： 项目验证、监督及资源协调。苏珊娜·坎皮诺（Susana Campino）： 资源调配、调查及数据管理。里塔·卢齐奥（Rita Lúzio）： 调查工作。桑德拉·维特维恩（Sandra Witteveen）： 文稿撰写、审稿与编辑、验证。若昂·佩尔迪冈（Jo?o Perdig?o）： 文稿撰写、审稿与编辑、验证、监督、资源调配、项目规划及概念构思。塔安·G. 克拉克（Taane G. Clark）： 文稿撰写、审稿与编辑、验证、监督、软件支持及资源协调。安东尼·P.A. 亨德里克斯（Antoni P.A. Hendrickx）： 文稿撰写、审稿与编辑、验证。沃拉尼奇（Woranich）：
资金声明
本研究部分由葡萄牙科学技术基金会（FCT）的UID/DTP/04138/2019项目资助，同时得到了微生物学教学与研究发展协会的支持。RE通过FCT提供的博士奖学金（项目编号Reference：202108701）获得资助。BD也对本项目提供了支持。通讯作者若昂·佩尔迪冈（Jo?o Perdig?o）通过FCT的TENURE项目（项目编号2023.15190. TENURE.005）获得部分资助。TGC和SC则获得了英国研究理事会（UKRI）的资助（项目编号EPSRCEP/Y018842/1和MRC MR/X005895/1）。
