印度本土肠道病毒A71基因组D群和G群的完整基因组测序及其分子特征分析

《Virology Journal》：Complete genome sequencing and molecular characterization of indigenous enterovirus A71 genogroups D and G of India

　　

摘要

背景

肠病毒71型（EV-A71）属于小RNA病毒科（Picornaviridae），是一种正链RNA病毒，包含7个已知的基因组群（A–G），在全球范围内引发了多起手足口病疫情。尽管此前在印度发现了D和G基因组群，但这些本土毒株的全面的基因组特征研究尚未有相关报道。

方法

我们对来自急性弛缓性麻痹病例的两种印度分离株（R13223-IND-02，属于D基因组群；V11-2209-01，属于G基因组群）进行了下一代测序（NGS）和分子系统发育分析。通过NGS生成的完整基因组使用时MAFFT工具与公开的完整和部分EV-A71序列进行了比对，并采用最大似然法构建了系统发育树。随后比较了这些基因组群之间的氨基酸变异情况，以及与原型株和神经毒力参考株的差异。

结果

系统发育重建显示这些毒株在不同的分支中形成了稳定的聚类（自举支持度≥99%），与全球主流的B和C基因组群明显不同。D和G基因组群似乎仅在印度地域内存在，其中D基因组群仍作为地方性流行毒株持续存在。比较基因组分析表明，这两个基因组群在编码区（包括结构蛋白VP1–VP4和非结构蛋白2A–3D）存在广泛的核苷酸差异。在VP1结构蛋白的145位氨基酸处，D和G基因组群均检测到E–Q取代突变，该位点与受体结合和小鼠毒力功能相关。

结论

研究结果强调了D和G基因组群在印度独立的进化轨迹和持续存在的现象，表明它们具有独特的区域进化特征。这些发现具有重要的全球意义，为分子监测、病原机制研究提供了宝贵见解，并为针对不同流行病学环境的基因组群特异性疫苗策略的开发提供了依据。本研究首次报道了印度EV-A71 D和G基因型的完整基因组，其独特的突变特征为研发区域特异性疫苗提供了直接靶点。