综述：超级增强子相关的长链非编码RNA HDAC11-AS1通过促进超级增强子的活性来调节HDAC11和NUP210的表达，从而加速肝细胞癌的进展

《Cellular Oncology》：Super-enhancer-associated lncRNA HDAC11-AS1 aggravates hepatocellular carcinoma progression by modulating HDAC11 and NUP210 expression via promoting super-enhancer activity

　　

摘要

目的

肝细胞癌（HCC）是一种由多种遗传和表观遗传机制驱动的恶性肿瘤，是全球癌症死亡的主要原因。长链非编码RNA（lncRNAs），尤其是超级增强子相关lncRNAs（SE-lncRNAs），已被证实是肿瘤发生的关键调控因子。

方法

在本研究中，我们探讨了HCC中超级增强子（SE）相关lncRNA（seRNA）的表达情况，并研究了SE-lncRNA HDAC11-AS1在HCC进展中的作用。通过使用ROSE算法，利用ENCODE数据库中的H3K27ac ChIP-seq数据，从Huh7、HepG2和正常肝组织中鉴定出HCC特异性的SE-lncRNAs。在36对HCC患者样本及其邻近组织中验证了HDAC11-AS1的过表达情况。通过过表达或敲低HDAC11-AS1，在体外和体内分析了其对HCC增殖和迁移的影响。通过共表达基因分析、qPCR、Western blot分析和免疫组化（IHC）来检测组蛋白去乙酰化酶11（HDAC11）和核孔蛋白210（NUP210）的调控作用。此外，还利用ChIA-PET数据分析、RNA沉淀和RNA免疫沉淀（RIP）技术研究了HDAC11-AS1与转录因子（YY1）/共因子（EP300和SMC3）之间的相互作用。

结果

本研究发现，HDAC11-AS1在HCC组织中显著过表达，并与不良预后相关。下调HDAC11-AS1可抑制HCC在体外和体内的增殖和迁移。从机制上讲，HDAC11-AS1作为一种关键的SE-lncRNA，通过与转录因子YY1以及共因子（EP300和SMC3）相互作用，稳定增强子-启动子环结构，从而通过转录调控促进HCC的进展。

结论

我们的研究结果表明，HDAC11-AS1作为一种分子支架，能够稳定增强子-启动子（E-P）环结构，进而促进超级增强子的活性以及致癌驱动基因的转录。