摘要
新的证据表明，癌细胞会异常翻译基因组中未标注开放阅读框（ORFs）之外的区域，从而导致人类白细胞抗原I类（HLA-I）呈现隐性问题肽。这些来自“暗蛋白组”（dark proteome）的非典型HLA-I结合肽（ncHLAp）可能是低突变负担癌症（如胰腺癌）中潜在的可靶向抗原。胰腺导管腺癌（PDAC）是美国癌症相关死亡的第三大原因，因此迫切需要新的治疗策略。为了全面绘制PDAC抗原图谱，我们采用了一种个性化的蛋白质组学平台，并结合高深度HLA-I免疫肽组学方法，从PDAC原发肿瘤和患者来源的类器官（PDOs）中实证鉴定了HLA-I结合肽（HLAp）。PDOs被用于从低肿瘤细胞密度的样本中富集恶性成分。我们对PDAC PDOs和原发肿瘤进行了广泛的基因组和转录组分析，以实现高分辨率的HLA分型和突变检测。在大约三分之一的PDAC患者样本中，我们检测到了由体细胞突变衍生的HLAp（mutHLAp），这些突变包括错义突变和移码突变。除了体细胞突变之外，越来越多的证据表明癌细胞还可以翻译“暗基因组”中的新型未标注开放阅读框（nuORFs）。我们扩展了蛋白质组学搜索范围，包括通过核糖体分析（Ribo-seq）先前定义的nuORFs，并从PDAC类器官和原发肿瘤中实证鉴定了数千种nuORF衍生的ncHLAp。接下来，我们使用一种新开发的“以翻译为中心”的方法评估了ncHLAp的肿瘤特异性表达。该流程利用了针对275多种健康组织样本（涵盖28个以上不同器官系统，包括健康的胸腺）的HLA-I免疫肽组学和Ribo-seq数据。我们发现了500多种源自非典型开放阅读框的ncHLAp，且在任何分析的健康器官/组织中均未检测到其翻译迹象。我们将这一亚组称为肿瘤限制性（CR）ncHLAp。大量CR ncHLAp在具有相应HLA类型的多个PDAC患者中存在，这突显了“现成”治疗策略的潜力。为了直接评估候选抗原（包括mutHLAp和ncHLAp）的免疫原性，我们使用了一种敏感的体外平台，利用HLA匹配的健康供体外周血单核细胞（PBMCs）来激发和扩增（neo）抗原特异性T细胞。一部分由突变衍生的HLAp和肿瘤限制性ncHLAp表现出强烈的免疫原性，这为后续研究指出了高优先级的肿瘤限制性隐匿抗原。随后，我们使用定制的DNA条形码肽：HLA多聚体（兼容10X Genomics工作流程）鉴定了特定的隐匿抗原T细胞受体（TCRs）。该方法实现了全长TCR-alpha/beta序列分析，并具有配对的抗原特异性。基于CRISPR的TCR重定向技术被用来生成针对隐匿抗原的TCR工程T细胞（TCR-T）。为了评估针对隐匿抗原的TCR-T细胞是否能够识别并杀死表达相应抗原的内源性水平的胰腺癌类器官，我们开发了一个类器官：TCR-T细胞共培养平台，以同时测量抗原识别和细胞毒性。我们证明了多种隐匿抗原特异性TCR具有显著的体外细胞毒性。最后，我们通过临床前过继细胞治疗研究在体内验证了表现最佳的TCR-T细胞的效果。针对隐匿抗原的TCR-T细胞对移植到免疫缺陷小鼠体内的患者来源PDAC类器官表现出强大的杀瘤活性，表明肿瘤限制性隐匿抗原（CR ncHLAp）可以介导细胞毒性T细胞的识别并实现肿瘤细胞杀伤。总体而言，这项工作将肿瘤限制性隐匿抗原确定为胰腺癌及其他可能肿瘤类型的下一代免疫治疗的可攻克靶点。
William Freed-Pastor. 肿瘤限制性隐匿抗原：下一代基于T细胞的新型靶点 [摘要]. 在：2026年美国癌症研究协会年会论文集；第二部分（晚期突破、临床试验和特邀摘要）；2026年4月17-22日；加利福尼亚州圣地亚哥。费城（PA）：AACR；Cancer Res 2026;86(8_Suppl):Abstract nr NG08。
