基于CRISPR的技术用于检测泰国东北部的伯克霍尔德菌（Burkholderia pseudomallei），从而揭示了当地的卫生设施不足问题及类鼻疽（melioidosis）风险

《Nature Communications》：CRISPR-based environmental detection of Burkholderia pseudomallei identifies sanitation gaps and melioidosis risk in northeast Thailand

摘要

由于传统检测方法的灵敏度较低，人们对导致类鼻疽的病原体Burkholderia pseudomallei的环境暴露情况了解仍然十分有限。在此，我们开发了一种基于CRISPR技术的检测方法——CRISPR-BEEPs，该方法具有高灵敏度和低资源消耗的特点，并将其性能与传统的基于培养的平板检测方法（以双荧光定量PCR作为参考标准）进行了对比。结果显示，CRISPR-BEEPs的灵敏度（93.5% vs 19.4%）和特异性（100% vs 98.0%）均显著优于传统方法。我们对该方法在泰国东北部15,118平方公里范围内的自然水源和管道水源样本进行了应用，这些样本来自439名类鼻疽患者的家庭或其周边地区。同时，我们也对比了同一流行区域内190名其他细菌感染患者家庭以及506名从未患过类鼻疽的健康对照者的样本。检测结果显示，CRISPR-BEEPs在73.3%的地下水样本、32.9%的地表水样本和26.2%的管道水样本中检测到了B. pseudomallei，其检测结果与双荧光定量PCR相当。更高的灵敏度揭示了家庭周围10公里范围内的环境污染物与类鼻疽风险之间的显著关联（比值比OR 2.74；95%置信区间：1.38-5.48），而这一关联用传统方法是无法检测到的。这些发现揭示了卫生设施存在的严重问题，并强调了高分辨率环境监测在疾病预防中的重要性。