在多种实验条件下，对四种用于雪鳟（Schizothorax richardsonii）qRT-PCR检测的参考基因进行比较评估

《Scientific Reports》：Comparative evaluation of four reference genes for qRT-PCR assays in snow trout (Schizothorax richardsonii) under multiple experimental conditions

摘要

基因表达分析的准确性在很大程度上取决于用于在不同实验条件下标准化目标mRNA表达的参考基因的稳定性。在本研究中，我们分析了喜马拉雅雪鳟（Schizothorax richardsonii）中的三个参考基因：β-肌动蛋白（β-act）、延长因子1α（ef1α）和甘油醛-3-磷酸脱氢酶（gapdh）。随后，我们使用geNorm、NormFinder、BestKeeper和delta CT算法，在八种实验条件下评估了这些参考基因以及18 S rRNA的稳定性。结果表明，在十六种组织类型中，18 S rRNA是最稳定的参考基因；而在早期发育阶段（孵化后0-21天）和性别之间（雄性和雌性肌肉组织），ef1α表现出最高的稳定性。在其他情况下，β-act在不同年龄组（0岁和2岁）、营养条件（饥饿-再喂养以及不同的膳食蛋白质和脂质水平）以及饲养温度（6°C、12°C、18°C和24°C）下，是雪鳟肌肉中最稳定的参考基因。相比之下，gapdh的稳定性较差，并且会受到低温的影响，因此不适合作为这些条件下的参考基因。为了进一步验证，我们使用最稳定和最不稳定的参考基因作为标准化因子，对主要肌生成调节因子（myod和myf5）在不同饲养温度下的表达进行了相对定量分析。结果再次强调了选择稳定参考基因进行qRT-PCR分析的重要性，因为使用最不稳定的参考基因进行标准化时，肌生成调节因子的表达模式存在显著误差。据我们所知，这是首次对冷水鲤科鱼类在不同组织、发育阶段、性别、营养条件和温度范围内的内部参考基因进行全面的评估。