加速新生儿重症监护病房（NICU）中的基因诊断：由新生儿科医生主导的快速全基因组测序技术

《Scientific Reports》：Accelerating genetic diagnosis in the NICU: neonatologist-driven rapid whole genome sequencing

摘要

本研究旨在建立一种适用于新生儿重症监护病房（NICU）环境的快速全基因组测序（rWGS）工作流程，并评估其诊断效用和临床可行性。研究对象为20名疑似患有遗传性疾病的危重新生儿。我们建立了一套从新生儿入院到遗传诊断结果返回的完整rWGS工作流程，采用DRAGEN-GATK-Hail工具包进行基于三联体的rWGS数据分析，结果由多学科团队共同审核和报告。这20名NICU新生儿的平均检测周期为5.5个工作日。其中10例获得了遗传诊断结果，诊断准确率为50%（基于临床数据库和变异致病性评估）。发现的致病性变异分布于9个基因上，包括AGT、ANK1、NSD1、SERPINC1、OTC（2例）、INS、PKHD1、SAMD9和LZTR1。所有10名确诊新生儿的临床情况均得到了改善，具体表现为“遗传咨询和复发风险管理”、“早期治疗决策”以及“临床结局和生存率的提升”。其中，新生儿rWGS-03的疗效最为显著，该病例通过rWGS在症状出现前就确诊了肾小管发育不良。本研究证明了rWGS在NICU中用于疑似遗传性疾病危重新生儿的可行性。作为韩国首次实施的由新生儿科医生主导的rWGS项目，它凸显了及时准确诊断的重要临床价值。我们的研究结果强调了rWGS在临床实践中的价值，支持将其纳入常规诊疗流程，并为未来在公共卫生系统中的进一步研究提供了依据。