与早期胃食管交界部癌变相关的DNA甲基化生物标志物

《Clinical and Experimental Medicine》：DNA methylation biomarkers associated with early gastric cardia carcinogenesis

摘要

胃贲门癌（GCC）是一种侵袭性很强的恶性肿瘤，预后较差，这凸显了在胃贲门癌早期发病过程中更好地表征分子变化的重要性。本研究旨在识别并验证与胃贲门早期癌前病变和肿瘤性病变相关的基于组织的DNA甲基化标志物。我们整合了来自69个胃贲门样本的全基因组DNA甲基化数据（850 K阵列），包括正常黏膜（n = 22）、肠化生（IM，n = 32）、上皮内瘤变（IEN，n = 7）和GCC（n = 8）。差异甲基化分析揭示了特定阶段的甲基化模式。我们使用了包括最小绝对值收缩和选择算子（LASSO）回归以及随机森林在内的机器学习算法来筛选候选诊断生物标志物，并在独立队列（n = 212）中对候选基因表达进行了免疫组化验证。GCC的进展伴随着表观遗传学的失调，其中在癌前病变中高差异甲基化探针（DMPs）占主导地位（79.3–86.3%），而在GCC中则主要为低差异甲基化探针（hypo-DMPs，占87.7%）。高差异甲基化探针在启动子相关胞嘧啶-磷酸-鸟苷（CpG）岛中富集（P < 0.001）。两种DMPs，EDNRB_cg04390523和SALL1_cg09016242，被两种算法一致识别，并且在整合数据集中显示出良好的诊断准确性（AUC = 0.947，95% CI：0.897–0.997），可用于区分癌前胃贲门病变和GCC与正常组织。与甲基化结果一致，EDNRB蛋白表达从正常组织到IM/IEN组织逐渐降低（P < 0.001）。本研究确定了EDNRB和SALL1启动子的过度甲基化作为与早期肿瘤转化相关的有前景的基于组织的候选生物标志物，并为进一步开展胃贲门癌前病变和癌症的纵向研究和转化研究提供了基础。

图形摘要

此图像的替代文本可能是由AI生成的。