通过优化的单细胞RNA测序技术解析三阴性乳腺癌中循环中性粒细胞的表型特征

《Cancer Immunology, Immunotherapy》：Decoding circulating neutrophil phenotypes in triple-negative breast cancer via optimized single-cell RNA sequencing

摘要

中性粒细胞正逐渐成为肿瘤生物学的关键调节因子，影响着癌症的进展、免疫逃逸和治疗反应。然而，由于RNA含量较低，对其转录组特征的解析仍然具有挑战性，这限制了在单细胞水平上准确区分中性粒细胞与其他白细胞群体的能力。为了解决这一问题，我们开发了一个用于单细胞RNA测序数据的稳健分析框架，通过两个精心策划的中性粒细胞标记基因组来为每个细胞计算中性粒细胞评分，并排除表达非中性粒细胞标记基因的细胞。

从六名三阴性乳腺癌（TNBC）患者和六名非恶性捐赠者的液体活检样本中分离出白细胞，对其进行测序和分析，以研究84个来自TNBC患者的中性粒细胞和128个来自对照捐赠者的中性粒细胞。与对照组相比，TNBC中性粒细胞显示出与迁移相关的基因显著上调（调整后的p值约为-log₁₀ ≈ 3）以及呼吸复合体基因的显著上调（p值 < 1 × 10^-9）。

这些发现表明TNBC中性粒细胞与对照组中性粒细胞在转录组上存在显著差异，揭示了TNBC肿瘤对循环免疫细胞的影响。此外，这项工作为单细胞研究中中性粒细胞的精确鉴定和功能表征提供了一个经过验证的框架，并为解析它们在癌症进展中的机制作用奠定了基础。