BIOWATCH：一款基于R语言的应用程序，用于在宏条形码数据集中检测感兴趣的物种

《BMC Bioinformatics》：BIOWATCH: a R shiny application for the detection of species of interest in metabarcoding datasets

　　

摘要

背景

人类活动正在改变物种的分布。这导致生物群落发生深刻变化，一些物种濒临灭绝，同时病原体和外来物种也在扩散。为了有效管理这些变化，及时准确地检测目标物种至关重要。随着技术的进步，研究人员和环境管理者可以获得越来越多的环境DNA数据，但这些数据往往没有得到最佳利用来检测目标物种。

结果

BIOWATCH是一款R shiny应用程序，旨在改进在宏条形码数据集中检测目标物种的能力。用户可以从公共数据库中预定义的物种列表创建自定义参考数据库，然后利用这些数据库来检测目标物种。用户还可以可视化结果，以评估这些物种的空间和时间分布模式。

结论

BIOWATCH提供了一个多功能平台，使用户能够解读宏条形码结果，有助于在快速环境变化的时代改进生态系统监测、保护规划和物种管理。