整合基因组学和转录组学揭示了胰腺神经内分泌肿瘤中的关键事件

《BMC Biology》：Integrated genomics and transcriptomics reveal key events in pancreatic neuroendocrine neoplasm

摘要

背景

胰腺神经内分泌肿瘤（PanNEN）是胰腺中第二常见的上皮性肿瘤，其亚型之间存在显著的异质性。本研究旨在全面描述PanNEN的分子特征，并识别与肿瘤进展和治疗相关的关键因素。

结果

我们对106个PanNEN样本进行了综合分子分析，包括全基因组测序、全外显子组测序和转录组测序。与PanNET相比，PanNEC的突变负担显著更高，其中KRAS和TP53基因存在反复突变。在转移性PanNET中，结构变异重排（RS）成为影响肿瘤相关基因表达的关键分子事件。拷贝数变异（CNV）分析发现了四个不同的PanNET亚组：染色体水平的杂合性丢失（LOH）、有限的CNV事件、全基因组复制（WGD）以及伴有染色体水平LOH的WGD。我们基于CNV模式提出了一个新的PanNET进化模型，并通过转录组分析和临床样本验证了该模型。WGD被确定为PanNET进展的关键事件，显著增强了肿瘤的侵袭性。转录组分析显示，不同RS亚型和WGD状态具有不同的免疫特征，其中RS2亚型表现出特别有利的免疫特征，提示其可能对免疫治疗有反应。

结论

总之，我们的系统基因组和转录组分析揭示了PanNEN亚型之间的不同生物学特征，并确定了基于CNV的PanNET进化轨迹。我们证明了结构变异和全基因组复制是推动PanNET进展的关键事件，为PanNET生物学提供了新的见解，并具有潜在的临床意义。