产气荚膜梭菌（Clostridium perfringens）中编码β-2毒素的cpb2基因和非典型cpb2基因的遗传背景及质粒相关基因组片段特征

《BMC Genomics》：Genetic background and plasmid-associated contig profiles of the beta-2 toxin coding genes cpb2 and atypical cpb2 in Clostridium perfringens

　　

摘要

背景

β-2毒素被认为是由C. perfringens产生的一种辅助毒素，该毒素由cpb2和atypical cpb2（aty.cpb2）基因编码。然而，cpb2/aty.cpb2的流行模式及其基因组背景仍不完全清楚。

结果

在这项研究中，我们对865株携带cpb2或aty.cpb2的C. perfringens菌株进行了大规模的比较基因组分析。在cpb2和aty.cpb2的全长核苷酸序列中检测到了遗传变异，从而产生了不同的预测蛋白质变体。与携带aty.cpb2的菌株相比，携带cpb2的菌株表现出更明显的系统发育聚类现象，尽管仅存在cpb2并不能完全解释这一现象，这表明cpb2与更广泛的谱系相关基因组特征有关。在contig（连续基因组片段）层面，所有携带cpb2的序列都与pCP13类质粒骨架相关联，而大多数携带aty.cpb2的序列则与pCW3类质粒标记相关联；其余携带aty.cpb2的序列分布在不同的contig组中，这些组与噬菌体相关或质粒相关的参考序列具有相似性。序列注释进一步显示，cpb2和aty.cpb2通常都与hp和PadR家族的转录调控因子相邻，形成了相关的局部基因片段。

结论

总体而言，本研究提供了cpb2/aty.cpb2相关基因组的比较特征描述，并识别出两个携带aty.cpb2的独特噬菌体样contig组，从而为C. perfringens中β-2毒素基因的基因组多样性和潜在移动性提供了新的见解。

背景

β-2毒素被认为是由C. perfringens产生的一种辅助毒素，该毒素由cpb2和atypical cpb2（aty.cpb2）基因编码。然而，cpb2/aty.cpb2的流行模式及其基因组背景仍不完全清楚。

结果

在这项研究中，我们对865株携带cpb2或aty.cpb2的C. perfringens菌株进行了大规模的比较基因组分析。在cpb2和aty.cpb2的全长核苷酸序列中检测到了遗传变异，从而产生了不同的预测蛋白质变体。与携带aty.cpb2的菌株相比，携带cpb2的菌株表现出更明显的系统发育聚类现象，尽管仅存在cpb2并不能完全解释这一现象，这表明cpb2与更广泛的谱系相关基因组特征有关。在contig层面，所有携带cpb2的序列都与pCP13类质粒骨架相关联，而大多数携带aty.cpb2的序列则与pCW3类质粒标记相关联；其余携带aty.cpb2的序列分布在不同的contig组中，这些组与噬菌体相关或质粒相关的参考序列具有相似性。序列注释进一步显示，cpb2和aty.cpb2通常都与hp和PadR家族的转录调控因子相邻，形成了相关的局部基因片段。

结论

总体而言，本研究提供了cpb2/aty.cpb2相关基因组的比较特征描述，并识别出两个携带aty.cpb2的独特噬菌体样contig组，从而为C. perfringens中β-2毒素基因的基因组多样性和潜在移动性提供了新的见解。