Tagetes erecta（菊科）多染色体线粒体基因组的组织结构与比较分析

《BMC Genomics》：Organization and comparative analysis of the multi-chromosomal mitochondrial genome in Tagetes erecta (Asteraceae)

　　

摘要

Tagetes erecta（俗称万寿菊）是一种原产于墨西哥和中美洲的开花植物，以其鲜艳的金黄色或橙色花朵以及在传统医学中的多种用途而广受喜爱。尽管它具有重要意义，但T. erecta的线粒体基因组尚未得到充分研究，这导致了对菊科植物基因组变异的理解存在空白。在这项研究中，我们对T. erecta的线粒体基因组（线粒体基因组）进行了测序和组装，发现其由5条独立的环状染色体组成，总长度为259,855 bp，平均GC含量为44.81%。重复序列分析在T. erecta的线粒体基因组中识别出104个简单序列重复（SSRs）、22个串联重复序列和83个分散重复序列。我们还发现了9个线粒体质体DNA序列（MTPTs），长度范围从33到771 bp，其中包括完整的质体基因序列和部分质体蛋白质编码基因（PCGs）。对40种菊科植物的系统发育分析表明，T. erecta属于向日葵族（Heliantheae）分支。此外，基于RNA-seq数据，在30个质体蛋白质编码基因中发现了573个RNA编辑位点。这些发现提供了新的线粒体基因组资源，有助于我们更好地理解菊科植物的进化和基因组变异，为育种过程和资源保护工作提供了有益的见解。