全基因组测序表明博茨瓦纳近期出现了耐利福平结核病的传播

《BMC Infectious Diseases》：Whole-genome sequencing suggests recent transmission of rifampicin-resistant tuberculosis in Botswana

摘要

背景

结核病（TB）由结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis，简称Mtb）引起，仍然是一个全球性的健康挑战。耐药结核病（DR-TB）的传播对有效的结核病预防和护理策略构成了重大威胁。本研究的目的是调查DR-TB菌株的传播模式，确定与传播相关的因素，并重建其在博茨瓦纳研究期间的传播动态。

方法

我们分析了2016年至2023年间分离出的195株利福平耐药Mtb菌株的全基因组测序数据。通过设定0到5个单核苷酸多态性（SNPs）的阈值来识别潜在的近期传播簇。使用TemPest工具评估了主要亚谱系的时间信号，并利用BEAST软件推断Mtb菌株的进化过程。所有统计分析均使用STATA 18版本完成。

结果

在195株RR-TB菌株中，有116株（60%）属于4号谱系。通过推断菌株之间的密切基因组相关性（0个SNPs或≤5个SNPs差异），发现了传播的证据。系统发育分析和SNP差异表明在不同卫生区内部和之间可能存在传播事件。以0个SNPs为阈值定义基因组簇时，女性（OR：1.68，95% CI：1.04–2.7，p = 0.04）以及感染4号谱系菌株（OR：2.80，95% CI：1.19–6.80，p = 0.02）与簇的形成有关。治疗史（OR：1.41，95% CI：0.74–2.69，p = 0.30）、涂片结果（OR：1.11，95% CI：0.64–1.95，p = 0.71）和HIV感染状态（OR：0.58，95% CI：0.71–1.87，p = 0.58）与簇的形成无关。

结论

我们的研究为博茨瓦纳利福平耐药Mtb的传播提供了见解。研究结果表明，在存在传播证据的卫生区实施有针对性的干预措施有助于阻止耐药Mtb菌株的传播。

临床试验编号

不适用。

背景

结核病（TB）由结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis，简称Mtb）引起，仍然是一个全球性的健康挑战。耐药结核病（DR-TB）的传播对有效的结核病预防和护理策略构成了重大威胁。本研究的目的是调查DR-TB菌株的传播模式，确定与传播相关的因素，并重建其在博茨瓦纳研究期间的传播动态。

方法

我们分析了2016年至2023年间分离出的195株利福平耐药Mtb菌株的全基因组测序数据。通过设定0到5个单核苷酸多态性（SNPs）的阈值来识别潜在的近期传播簇。使用TemPest工具评估了主要亚谱系的时间信号，并利用BEAST软件推断Mtb菌株的进化过程。所有统计分析均使用STATA 18版本完成。

结果

在195株RR-TB菌株中，有116株（60%）属于4号谱系。通过推断菌株之间的密切基因组相关性（0个SNPs或≤5个SNPs差异），发现了传播的证据。系统发育分析和SNP差异表明在不同卫生区内部和之间可能存在传播事件。以0个SNPs为阈值定义基因组簇时，女性（OR：1.68，95% CI：1.04–2.7，p = 0.04）以及感染4号谱系菌株（OR：2.80，95% CI：1.19–6.80，p = 0.02）与簇的形成有关。治疗史（OR：1.41，95% CI：0.74–2.69，p = 0.30）、涂片结果（OR：1.11，95% CI：0.64–1.95，p = 0.71）和HIV感染状态（OR：0.58，95% CI：0.71–1.87，p = 0.58）与簇的形成无关。

结论

我们的研究为博茨瓦纳利福平耐药Mtb的传播提供了见解。研究结果表明，在存在传播证据的卫生区实施有针对性的干预措施有助于阻止耐药Mtb菌株的传播。

临床试验编号

不适用。