来自埃及、乌干达和南非的240头非洲本土牛的全基因组序列

《Scientific Data》：Whole-genome sequences of 240 indigenous African cattle from Egypt, Uganda, and South Africa

　　

摘要

本地牛种在非洲的畜牧业中占据核心地位，尽管其生产力低于商业品种，但它们能够适应恶劣的热带环境，因此备受重视。基因组分析为提高这些牛种的适应能力和生产性能提供了重要的遗传学见解，有助于推动全球牛养殖系统的发展。本研究获得了来自埃及、乌干达和南非不同农业气候区域的240个本地牛种的全基因组序列数据。该数据集包含超过10太字节的配对末端读取序列，使用Illumina NovaSeq 6000平台生成，平均基因组覆盖率为10倍。经过过滤后的读取序列被映射到ARS-UCD1.2参考基因组上，平均映射率为99.2%（范围：64.5–99.9%）。变异检测共发现了约4300万个单核苷酸多态性（SNPs）和600万个插入/缺失（indels，长度≤50 bp），这些变异在基因组中分布不均。功能注释显示，许多变异位于已知基因内部或附近。这一全面的基因组资源为未来关于遗传多样性、品种特性、种群结构、地方适应性以及全球牛种保护策略的研究奠定了基础。