组织的转录程序根据治疗反应和临床结果对克罗恩病进行分类

《Scientific Reports》：Tissue transcriptional programs stratify Crohn’s disease by therapeutic response and clinical outcomes

　　

摘要

克罗恩病在生物学上具有异质性，目前的临床分类方法难以准确预测治疗效果或疾病进展。驱动克罗恩病临床结果的分子机制尚未完全明确。我们收集并分析了101名病情明确的克罗恩病患者的非炎症性结肠活检样本的全转录组RNA测序数据，通过加权基因共表达网络分析发现了15个与疾病相关的转录程序，这些程序能够独立于传统临床分类方法对克罗恩病进行分型。随后，我们研究了这些转录程序与临床结局（包括初次治疗失败、二次治疗失败、手术负担以及肛门周围病变）之间的关联。其中，一个以CD69表达为特征的中性粒细胞活化程序与初次和二次治疗失败显著相关，这提示了一种具有治疗抵抗性的黏膜免疫表型；另一个以SERPINE1表达为核心的纤维增生程序与较高的手术负担相关，表明组织重塑通路在疾病进展中起作用。我们还在结肠黏膜中发现了一个以DEFA5和DEFA6升高为特征的抗菌程序，该特征在治疗效果不佳的患者中更为明显，并通过DEFA5免疫荧光实验得到了验证。此外，还有一个与肛门周围病变密切相关的独特程序，揭示了这种严重表型的分子特征，这些特征无法通过常规临床指标检测到。总之，结肠转录程序能够识别出与治疗失败、手术风险及肛门周围病变相关的生物学意义的疾病状态，为克罗恩病的预后生物标志物和靶向治疗策略提供了分子基础。