回复主题：基因组污染可能导致对水平基因转移推断的过度估计

《Nature Communications》：Reply to: Genome contamination may lead to an overestimation of horizontal gene transfer inferences

　　

回复 N. Godron 等人在《自然通讯》（Nature Communications）上发表的文章（2026年）

我们感谢 Godron 等人对我们之前文章的关注 ^{我们最初用于确认潜在 HGT 事件的流程旨在能够检测到抗生素抗性基因（ARG）转移的证据，但并未包括基于 contig 覆盖率的污染过滤。Godron 等人的分析揭示了一些实例（特别是对于葡萄球菌科和链球菌科），其中看似污染的 DNA 导致了假阳性信号，从而夸大了我们研究中的 HGT 确认率。然而，SRA 中存在的污染并不否定我们确认步骤的核心前提：即一些预测的 ARG 转移确实存在于现有的基因组数据中。在排除了30个可能受污染或人为造成的 HGT 事件后，Godron 等人在肠杆菌科中识别出了四个 HGT 事件（erm(F)、erm(T)、tet(H) 和 tet(W)），这些事件经审查被认为是真正的水平转移。虽然这四个 HGT 事件支持了我们方法在揭示真实 ARG 传播事件方面的有效性，但我们认识到污染可能夸大了我们原始出版物中确认事件的总数。}

Matters Arising 的作者认为，污染可能影响了我们基于参考基因组（RefSeq 数据库）对移动遗传元件（MGE）宿主范围的评估，但他们提供的支持这一观点的数据有限。在我们的原始分析中，我们通过聚类每个 RefSeq 条目中的 16S rRNA 基因来限制污染（如我们的文章中所述 ^{鉴于这一额外的分析，未来使用我们方法进行抗性基因传播的生物信息学研究应包括严格的污染控制，以提高对预测 HGT 事件验证的信心，特别是在分析 SRA 条目时。}