综述：解析呼吸道抗病毒防御中表观遗传调控的多层机制

《Journal of Virology》：Unraveling the layers of epigenetic control in respiratory antiviral defense

　　

宿主针对新发呼吸道病原体的防御始于细胞固有、干扰素介导的抗病毒应答的诱导。干扰素应答可诱导固有效应应答与适应性细胞应答，这对病毒清除及长效免疫记忆的建立至关重要。尽管这些抗病毒过程主要在转录层面被表征，但感染期间协调细胞转录输出的表观遗传机制仍研究不足。系统免疫学与病毒学的技术进步揭示了感染后细胞表观遗传景观的动态变化，及其在微调抗病毒防御中的情境依赖性作用。本综述梳理了当前对DNA甲基化、组蛋白翻译后修饰及染色质重塑因子如何在呼吸道病毒感染期间发生动态重编程的认知，以及呼吸道病毒用以颠覆表观遗传调控的独特策略。研究人员进一步强调细胞类型特异性程序，以及改变表观遗传景观并调节保护性免疫应答与致病性免疫应答平衡的生物因素。更好地理解病毒-宿主表观遗传互作将有助于开发合理的、情境依赖性的抗病毒干预措施。

引言

宿主干扰素（IFN）应答是抵御病毒感染的第一道防线。模式识别受体（PRR）对病毒核酸的识别可激活IFN调节因子3（IRF3）与核因子κB（NF-κB），从而介导病毒应激诱导基因及细胞固有I型（IFNα/β）与III型（IFNλ）IFN基因的表达。IFN与相应受体结合后，激活信号转导与转录激活因子1（STAT1）、STAT2及IRF9（形成ISGF3转录复合物），进而刺激IFN刺激基因（ISG）的转录。ISG编码抗病毒效应分子与促炎细胞因子，可将免疫细胞招募至感染部位，因此稳健IFN应答的诱导对衔接细胞固有抗病毒免疫与长效适应性免疫应答至关重要。IFN应答本质上受转录层面的调控，这凸显了理解DNA与组蛋白的表观遗传修饰如何通过改变染色质可及性与结构，作为额外的抗病毒调控层级的重要性。

尽管呼吸道病原体对经典IFN信号通路及其拮抗作用的表征已十分深入，但关于表观遗传调控的预先决定状态与宿主染色质景观的动态变化如何在整个感染过程中产生与消退，进而影响IFN应答性、病毒清除与疾病结局的机制仍知之甚少。炎症信号已被明确与染色质结构的诱导性改变相关，以支持效应基因的表达。病毒进化出独特策略拮抗表观遗传程序，从而颠覆宿主固有免疫应答并维持高效的基因组复制，这一现象在疱疹病毒与人类免疫缺陷病毒等DNA病毒的慢性感染中最为清楚：宿主表观遗传机器控制着病毒潜伏与再激活。宿主对急性呼吸道病毒感染的表观遗传调控界面仍处于起步阶段。截至目前，捕获染色质可及性与蛋白质组成快速全局变化的技术已揭示，表观遗传重编程是各类呼吸道病原体感染的保守后果。当前的研究重点在于界定宿主炎症信号如何建立瞬时与持久的染色质状态，以及病毒用以颠覆该调控的独特策略。

本文将讨论已被揭示的可塑造宿主抗病毒应答的主要表观遗传机制，重点关注动态DNA甲基化、组蛋白修饰与染色质可及性如何影响感染后的IFN信号与免疫记忆。随后将延伸至当前对主要呼吸道病毒（包括正黏病毒科、肺病毒科、冠状病毒科与腺病毒科）利用表观遗传机器颠覆宿主免疫的策略的理解。最后，研究人员将展望宿主生物学因素（包括免疫史、遗传变异、年龄与性别）如何赋予抗病毒应答的表观遗传调控，并导致人群间呼吸道病毒疾病结局的异质性。更深入理解病毒-宿主表观遗传互作将有助于设计合理的、情境依赖性的抗病毒干预手段。

宿主表观遗传调控机制

DNA甲基化

DNA甲基转移酶（DNMT）家族催化甲基（–CH₃）添加至胞嘧啶（C）残基的5号碳，将其转化为5-甲基胞嘧啶（5-mC），这一过程常发生于CpG二核苷酸。DNA甲基化由DNMT3A与DNMT3B从头建立，并在DNA复制期间由泛素样含PHD与环指结构域1（UHRF1）介导的DNMT1招募至半甲基化DNA而得以维持。5-mC通常与转录抑制相关，原因包括阻碍转录因子结合DNA应答元件，或通过甲基-CpG结合结构域（MBD）蛋白识别这些标记并促进异染色质形成。去甲基化可通过DNMT1介导的维持功能缺失被动发生，也可通过十十一易位（TET）酶介导的5-mC氧化为5-羟甲基胞嘧啶（5-hmC，其本身也是稳定的表观遗传标记）及其进一步衍生物，随后经碱基切除修复主动发生。这使得甲基化协调的转录程序可被动态调控，从而定义细胞身份与对刺激的应答。

全基因组DNA甲基化谱分析技术已将DNA甲基化确立为免疫的核心调控因子。部分测序技术依赖亚硫酸氢钠介导的非甲基化胞嘧啶脱氨基，将其转化为尿嘧啶，而5-mC残基保持不变，从而监测甲基组的变化。全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）监测胸腺嘧啶替换，可在全基因组范围内以单碱基对分辨率提供DNA甲基化模式。简化代表性亚硫酸氢盐测序（RRBS）利用甲基化不敏感的限制性内切酶富集CpG密集的DNA区域，该方法以较低成本提高了这些调控区域的覆盖深度。其他测序技术依赖基于蛋白质的富集技术，包括使用针对5-mC或5-hmC的抗体（甲基化DNA免疫沉淀测序；MeDIP-seq），或重组MBD蛋白结构域（MBD-seq）来捕获富含甲基化的区域。这些方法虽能以计算与成本高效的方式提供全基因组胞嘧啶甲基化覆盖，但缺乏亚硫酸氢盐测序的单碱基分辨率。长读长测序技术的出现消除了对亚硫酸氢盐转化的需求，允许在单次实验中直接同时测量DNA修饰（如5-mC或5-hmC）。为降低全基因组测序相关的成本与计算负担，DNA甲基化微阵列使用靶向预定义CpG位点的探针捕获亚硫酸氢盐转化的DNA，这些平台支持在大队列中开展甲基组研究。

上述方法共同证实，精确的甲基化模式指导正常的细胞发育与功能。DNA甲基化模式的破坏与免疫缺陷和癌症易感性相关，而这些疾病与感染风险升高相关。病毒感染本身已被发现与免疫调控位点DNA甲基化的重塑相关，病毒疾病严重程度驱动这些变化的幅度。这不仅是感染的标志物，更是宿主对感染的应答所诱导的变化与病毒基因表观遗传扰动之间的相互作用。当前的一个关键认知缺口在于，预先存在与感染诱导的甲基化景观动态重编程如何塑造急性病毒感染与对未来暴露的免疫记忆的轨迹。

组蛋白修饰

组蛋白亚基经历翻译后修饰（PTM），从而影响染色质结构。显著改变染色质可及性及重塑因子与转录调控因子招募的主要PTM包括组蛋白乙酰化（Ac）与甲基化（Me）。这些修饰在免疫激活与病毒感染期间反复被调动，并设定宿主转录应答的时序、幅度与持久性。组蛋白乙酰化由组蛋白乙酰转移酶（HAT）催化，将乙酰基（CH₃CO–）从乙酰辅酶A转移至组蛋白尾部的赖氨酸（K）残基的ε-氨基，中和组蛋白的正电荷，削弱其与带负电DNA的相互作用。组蛋白乙酰化被含溴结构域（BRD）的蛋白质识别，这些蛋白质可启动染色质重塑复合物的组装，驱动基因激活。组蛋白去乙酰化酶（HDAC）移除乙酰基，有利于异染色质形成与转录抑制。赖氨酸甲基转移酶执行组蛋白甲基化，与乙酰化不同，甲基化不改变DNA与组蛋白之间的静电相互作用，而是作为表观遗传与转录调控蛋白的识别位点，双向调控转录。其中H3K4me3与转录激活相关，H3K27me3与H3K9me3则与基因沉默相关。组蛋白PTM在增强子与启动子区域尤为重要，定义了控制转录的基础与诱导性抑制或许可染色质状态。

蛋白质印迹与质谱是鉴定与定量整体组蛋白PTM的重要工具，而靶向位点作图的能力则为将组蛋白PTM定义为免疫基因调控的主动决定因素提供了关键支撑。染色质免疫沉淀联合聚合酶链式反应或下一代测序（ChIP-PCR或ChIP-seq）长期以来一直是绘制靶区域组蛋白PTM的标准方法。靶向切割释放联合核酸酶（CUT&RUN）及其衍生技术CUT&Tag是更新的策略，将微球菌核酸酶（MNase）或Tn5转座酶与蛋白A融合，以识别并切割特定蛋白质抗体结合的基因组区域。这些方法提高了作图分辨率，并大幅降低了所需细胞输入量，使得能够在丰度较低的细胞群体与原代细胞中鉴定调控性组蛋白PTM，揭示不同细胞类型中感染诱导的激活性与抑制性组蛋白标记的动态变化。这些研究表明，宿主与病毒相关机制均可改变组蛋白PTM，从而减弱或增强炎症反应。病毒编码的组蛋白模拟物及其他可与宿主染色质调控因子互作的蛋白质的发现，推动了人们对宿主表观遗传与成功病毒复制及免疫逃逸之间交集的关注。这些见解促使研究人员将现有染色质修饰酶的药理调节剂重新用于提高宿主对呼吸道病毒的抵抗力与改善疾病结局的可行靶点。

染色质组织与重塑

染色质重塑复合物与组蛋白PTM协同工作，动态调控染色质结构与可及性。这些ATP依赖的重塑复合物包括SWI/SNF、ISWI、CHD与INO80家族，可识别特定的组蛋白修饰并打断DNA-组蛋白相互作用，以 eject、重定位或交换核小体中的组蛋白亚基。核小体定位与间距可通过微球菌核酸酶测序（MNase-seq）测量，其中MNase切割暴露的连接区DNA，而保留核小体关联的DNA。转录因子与转录机器可及的染色质区域可通过脱氧核糖核酸酶I超敏位点测序（DNase-seq）或转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）进行作图，使研究人员能够捕获免疫损伤与组织修复期间染色质可及性的动态变化。这些技术在感染肺组织中的体内应用以ATAC-seq最为可行，尤其是单细胞与多组学策略的出现。当与转录因子结合基序及占据分析整合时，这些方法可揭示感染肺中控制转录应答的细胞类型特异性与疾病特异性染色质可及性模式。抗病毒基因位点的染色质可及性对于IFN与炎症转录程序的及时激活至关重要，而病毒会劫持这一机制，将宿主核小体与染色质重塑因子重新分布至病毒基因组，建立利于转录的染色质状态，促进基因组维持并逃避免疫检测。

除局部染色质可及性外，更高阶的基因组组织在基因调控中发挥进一步作用。基因组被划分为活性常染色质与非活性异染色质，体现为短程与长程染色质相互作用的模式，这些模式被组织为拓扑关联结构域（TAD）与黏连蛋白介导的CTCF环。这些结构限制增强子-启动子通讯并强化基因调控的特异性。染色体构象捕获（3C）类方法通过交联染色质，随后进行限制性内切酶消化与邻近连接，生成编码空间染色质接触的DNA片段，从而实现对高阶染色质结构的作图。这些方法（包括Hi-C等高通量变体）已揭示感染诱导的三维（3D）染色质结构改变可重塑免疫基因网络，并影响气道细胞中宿主抗病毒应答的幅度、特异性与持久性。

RNA修饰与非编码RNA

尽管本文聚焦于宿主-病原体互作的DNA与染色质层面调控，表观转录组机制同样参与微调抗病毒免疫。宿主与病毒RNA的修饰影响微生物相关分子模式的识别、固有免疫激活与疫苗效力。无偏测序技术（如甲基化RNA免疫沉淀测序MeRIP-seq与Nanopore直接RNA测序）已证明，多个科的呼吸道病毒劫持宿主RNA甲基转移酶机器，以促进病毒RNA的N⁶-甲基腺苷（m⁶A）修饰，将其作为复制与免疫逃逸的策略。同时，病毒编码的长非编码RNA（lncRNA）与PRR激活及IFN信号诱导的宿主lncRNA可作为微小RNA“海绵”，并改变染色质可及性，从而调控宿主对病毒感染的应答。这些发现共同强调了基于RNA的表观遗传调控层级，其补充了呼吸道抗病毒免疫的染色质层面调控。

宿主抗病毒应答的表观遗传调控

病毒识别与细胞固有IFN应答的调控

表观遗传异质性是IFN产生细胞类型特异性的基础。IFN刺激进一步诱导部分ISG位点的表观遗传重编程（包括急性和可遗传的改变），支持既往炎症暴露可改变细胞类型特异性染色质景观，从而印记转录“记忆”，决定未来抗病毒应答的幅度与持久性的观点。启动子通常位于转录起始位点附近，通过转录因子结合直接招募RNA聚合酶II（Pol II）。相比之下，远端增强子元件存在于不同的功能状态（即 poised、活跃或潜伏），决定了它们对信号线索的应答性。 poised增强子预先被组蛋白H3单甲基化（H3K4me1）标记，但缺乏激活性乙酰化标记，而潜伏增强子在基线状态下未被标记且不可及，但在刺激后可获得H3K4me1与H3K27ac等激活标记。这些增强子状态由细胞类型受限的谱系定义先锋因子建立，允许在选定的IFN与ISG位点被刺激应答转录因子（如IRF与STAT）快速激活，以扩展抗病毒转录程序，并招募共因子维持稳健的基因转录。与此模型一致，ATAC-seq与Hi-C实验显示，IFN刺激触发ISG位点的快速染色质重塑，这些结构变化与激活性组蛋白标记（H3K27ac）的沉积及Pol II的招募相关，将增强子激活与高阶染色质组织联系起来。

组蛋白乙酰化是IFN刺激转录的核心且具有意外许可性的特征。HDAC活性是IFN处理后ISGF3介导的ISG反式激活所必需的。一项研究提出HDAC1介导此活性，但第二项研究未能验证该关联，可能源于不同研究间的细胞类型差异，或HDAC1敲低后其他HDAC的代偿性上调。值得注意的是，HDAC相关共抑制复合物组分也影响IFN应答。Switch-independent 3A（SIN3A）的沉默破坏了含HDAC1/2的Sin3a复合物，降低基础ISG表达，损害IFNα介导的对甲型流感病毒（IAV）的抗病毒保护作用。这些发现表明，HDAC活性维持染色质处于poised、信号应答状态，使ISGF3能够结合并产生有效转录，而非强制静态抑制。因此，HDAC抑制剂可使A549人气道上皮细胞对IAV与人偏肺病毒（HMPV）易感。然而，HDAC在调控抗病毒固有免疫中的作用比正向调控IFN应答更为复杂。在其他病毒模型（如疱疹病毒）中，HDAC抑制既可增强限制感染性的宿主防御机制，也可解除病毒基因表达的抑制。这些差异表明，调节HDAC活性以使其向有利于宿主保护的方向倾斜，在很大程度上取决于病毒生命周期及其靶向的组织。

乙酰化组蛋白标记的读取器（包括多个含溴结构域与额外末端结构域（BET）蛋白，如BRD2、BRD3、BRD4、BRDT）可协调IFN诱导的转录。BRD2与组蛋白乙酰转移酶KAT2A协同作用，驱逐调控性组蛋白变体H2A.Z，促进ISGF3招募至ISG启动子。BRD4通过招募正性转录延伸因子b（P-TEFb）释放Pol II，促进快速的ISG诱导。ChIP-seq显示P-TEFb的招募依赖于HDAC活性，部分解释了其对抗病毒应答正向调控的悖论性需求。然而，BET蛋白也可对IFN应答发挥情境依赖性抑制作用。BRD4稳定染色质调控因子SUPT16H与HDAC1及EZH2的关联，从而抑制ISG转录。BET蛋白在抗病毒免疫中的生理相关性在体外与体内SARS-CoV-2感染模型中得到强调：BET抑制可抑制病毒诱导的IFN应答，导致肺部病毒复制增加与疾病结局恶化。类似地，泛BET抑制可增加流感感染后的死亡率，共同表明BET蛋白是将抗病毒位点的组蛋白PTM重塑转化为有效转录应答的关键介质。

SWI/SNF家族（即经典BAF、PBAF与非经典BAF复合物）的ATP依赖染色质重塑因子同样决定宿主IFN应答。这些复合物通过移动与驱逐核小体，建立许可性的启动子与增强子状态，允许IRF/ISGF3与目标序列结合。生物素连接测定显示，非经典BAF复合物的亚基BRD9与STAT2互作，并共结合ISG启动子，促进转录并在体外介导对IAV感染的抗病毒保护。类似地，SWI/SNF组分ARID1A被IRF3招募，以促进小鼠巨噬细胞中I型IFN基因启动子的许可性染色质状态。因此，SWI/SNF重塑因子整合HDAC与BET驱动的机制，以调节抗病毒应答期间的染色质可及性、增强子激活与IFN/ISG诱导的动力学。

与组蛋白介导的IFN信号下游ISG转录调控不同，DNA甲基化主要以调控I型IFN基因的表达而闻名。与DNA甲基化典型的抑制功能相反，DNMT3A可稳定Hdac9上游的CpG甲基化，抑制组蛋白甲基转移酶Zeste同源物2（EZH2）的结合及抑制性H3K27me3在Hdac9启动子的沉积。反过来，HDAC9通过其去乙酰化酶结构域与TANK结合激酶1（TBK1）互作，增强TBK1活性并促进IRF3磷酸化，从而驱动IFN基因表达。另一方面，UHRF1与DNMT1可通过维持Ifnb1上游的CpG甲基化，抑制IRF3的招募，从而限制IFN应答。单个胞嘧啶残基的靶向去甲基化足以恢复Ifnb1表达与抗病毒应答，这一观察结果例证了该调控层级的微小变化可在细胞、组织或机体水平产生显著影响。此外，IFN基因的差异化甲基化已与自身免疫疾病相关，将其定义为跨病理状态的广泛固有免疫调控机制。预先存在或诱导的DNA甲基化模式如何塑造细胞类型特异性的抗病毒应答，以及其在不同病原体间的保守性，仍有待深入探索。

招募染色质修饰因子的转录因子也可定义表达的IFN亚型。锌指E盒结合同源框1（ZEB1）引导HDAC与DNMT至靶启动子，并在双链RNA刺激后选择性抑制IFNλ1。此外，TGFβ依赖性的ZEB1上调可抑制IRF1，增加对呼吸道合胞病毒（RSV）与鼻病毒感染的易感性。更广泛的染色质特征同样影响IFN应答。预先存在的染色质状态决定STAT1/STAT2的占据，使细胞对IFN产生类型特异性应答。IFN暴露本身可印记训练免疫，其特征为组蛋白修饰的改变。总体而言，IFN刺激重塑ISG密集的染色质区域，增加可及性、增强子激活与染色质接触，从而塑造ISG表达。这些研究共同提供了多层表观遗传机制定义细胞固有抗病毒转录程序的动力学、幅度与细胞类型特异性的基础性证据。

细胞固有免疫与适应性免疫的调控

髓系细胞与固有淋巴样细胞（ILC）的身份在很大程度上由表观遗传印记决定。这些模式在病毒感染中发生改变，导致持久的表观遗传变化或细胞的“训练”。SARS-CoV-2感染驱动肺泡巨噬细胞（AM）中IFN、ISG与炎症基因的染色质重塑，从而增强对继发性IAV感染的抗病毒应答。IAV感染后单核细胞来源的AM的染色质重塑中也观察到类似的跨病原体保护效应。这些研究证明了单次病毒感染后印记的强度，因此季节性呼吸道病毒的后续暴露如何进一步强化这种重编程仍有待观察。IAV攻击的人队列中也观察到髓系区室抗病毒基因的类似染色质重塑，表明训练免疫的机制可能在物种间共享。比较健康个体与SARS-CoV-2康复者的外周血单个核细胞，单细胞染色质可及性分析显示其成熟与激活轨迹清晰，并与感染后恢复相关的持久表观遗传印记相关。值得注意的是，SARS-CoV-2感染改变了小鼠与人类造血干祖细胞的表观遗传景观，表明这些改变并非终末分化细胞独有，可能导致对未来跨造血谱系病毒挑战的应答发生永久性转变。

ILC包括自然杀伤（NK）细胞、ILC1、ILC2与ILC3，是肺抗病毒与修复应答的快速效应细胞。与髓系细胞类似，ILC也被证实在病毒感染后发生训练。小鼠巨细胞病毒训练的NK细胞在二次病毒暴露后优先扩增，并表现出细胞因子与细胞毒性应答的增强。相比之下，IAV感染诱导的小鼠记忆样NK细胞在二次IAV暴露后细胞毒性降低，但细胞因子应答增强。人IAV疫苗接种诱导出现记忆NK细胞群，其在二次IAV抗原暴露后可产生更多细胞因子，与小鼠研究结果相呼应，但该群体似乎是短暂的。鉴于在人队列中已观察到IAV肽特异性NK细胞克隆，可以合理推测这些记忆群体是长期存在的。疫苗接种诱导的ILC训练是否反映了真实IAV感染诱导的训练，目前尚不清楚。最新证据表明，ILC1、ILC2与ILC3在IAV感染后也经历免疫训练，但这些观察结果的表观遗传基础及其对呼吸道病毒疾病的影响仍不明确。这些研究共同表明，IAV感染与疫苗接种驱动ILC训练，并揭示了对其他呼吸道病毒感染的耐久性及相关性进行更深入理解的必要性。

T细胞与B淋巴细胞是必需的抗病毒效应细胞，具有高度协调的发育、激活与记忆程序。这些细胞的功能在很大程度上受表观遗传调控。在不同呼吸道病毒中，抗原 priming留下持久的表观遗传印记，塑造T细胞记忆的质量。抗原特异性细胞毒性CD8⁺T细胞在IAV感染期间通过组蛋白甲基化的快速修饰发生重编程。在初始CD8⁺T细胞中，双价启动子被许可性H3K4me3与抑制性H3K27me3标记，维持激活相关基因程序的沉默。激活后，这些区域迅速丢失H3K27me3，允许这些基因转录。效应基因座由“poised”增强子启动，这些增强子被H3K4单甲基化或二甲基化及H3K27me3标记，在激活期间获得H3K27ac。在初始T细胞中，H3K4me3标记干性相关基因上游的活跃增强子；而在效应与记忆T细胞中，H3K4me3被重新分布至激活与功能相关基因上游的增强子。SARS-CoV-2 S特异性CD4⁺T细胞在感染后也观察到类似的染色质变化。有趣的是，与疫苗接种诱导的S特异性CD4⁺T细胞相比，感染诱导的S特异性CD4⁺T细胞表现出更高的ISG位点可及性、更强的细胞毒性与更低的增殖能力，这表明真实感染相关的炎症信号在染色质层面影响回忆应答。此外，DNA甲基化决定IAV感染后的T细胞命运：新生DNA甲基化与维持性DNA甲基化的损伤分别抑制效应CD8⁺T细胞分化与调节性CD4⁺T细胞功能。因此，多个表观遗传调控层级协同作用，协调呼吸道病毒感染期间的T细胞激活、效应应答、记忆形成与组织修复，对这些复杂互作的深入理解将实现更精准的T细胞靶向治疗控制。

在B细胞中，回忆应答的幅度与质量由表观遗传重塑因子决定。特别是EZH2通过调控组蛋白PTM与染色质可及性，协调控制感染期间B细胞命运决定的转录程序。IAV感染后，EZH2催化BLIMP1靶基因上的H3K27me3沉积，促进效应抗体分泌细胞的形成。EZH2缺失导致血清抗体滴度降低与对IAV的体液应答减弱。H3K79甲基转移酶DOT1L对IAV感染后的生发中心形成与记忆应答也至关重要，但具体靶基因座尚未确定。与这些组蛋白修饰驱动的程序一致，染色质可及性提供了记忆B细胞质量的功能读数。T-bet表达的B细胞可预测长效疫苗诱导的体液免疫，其显示出与免疫效应功能调控相关的转录因子位点可及性增加。这些研究共同表明，表观遗传调控因子不仅支持B细胞激活，还维持抗病毒体液免疫的持久性与保护能力。

呼吸道病毒对宿主表观基因组的干扰

正黏病毒科

正黏病毒科包括甲型与乙型流感病毒，为分节段负链RNA病毒，通过与宿主核内及染色质相关蛋白质互作，抑制抗病毒转录并调节固有免疫信号。在呼吸道病毒中，IAV提供了病毒单一蛋白介导表观遗传免疫拮抗的最清晰例证之一。IAV H3N2非结构蛋白1（NS1）是一种多功能蛋白，编码N端RNA结合域与C端效应结构域，后者含有一个模仿组蛋白H3的ARSK基序，可促进抗病毒逃逸与病毒复制。NS1组蛋白模拟基序的翻译后修饰促进其与染色质读取器（如染色质结构域解旋酶DNA结合蛋白1（CHD1）与聚合酶相关因子1（PAF1））在活跃转录的抗病毒基因处的互作。全球运行测序（GRO-seq）显示，无法结合PAF1的病毒不能抑制抗病毒基因的全长Pol II延伸。这些数据共同确立了H3N2 NS1作为一种功能性病毒组蛋白模拟物，通过靶向转录延伸而非起始来对抗宿主抗病毒应答。重要的是，该组蛋白模拟基序在其他IAV毒株的NS1蛋白中并不保守，表明替代的NS1介导的抗病毒拮抗机制足以抑制宿主应答并允许病毒复制。

H1N1与H3N2编码的NS1均通过将DNMT3B重新