首次实现黑胫菌（Plenodomus lingam）的端粒到端粒的无间隙基因组组装

《Scientific Data》：First telomere-to-telomere gapless genome assembly of the blackleg fungus Plenodomus lingam

　　

摘要

黑胫病由子囊菌Plenodomus lingam（同义词：Leptosphaeria maculans）引起，是全球油菜种植中最严重的病害。作为研究植物-真菌相互作用的模式生物，Plenodomus lingam已经得到了广泛的研究，但迄今为止仍缺乏端粒到端粒（T2T）基因组组装数据。本文报道了利用MGI短读长序列、PacBio/Nanopore长读长序列以及Hi-C技术生成的Plenodomus lingam‘brassicae’菌株479-2的高质量T2T基因组组装结果。该基因组包含19条核染色体，总长度为40.74 Mb，每条染色体均以端粒重复序列（CCCTAA/TTAGGG）为末端；同时还包括一个完整的环状线粒体基因组，长度为169,227 bp。关键的质量指标如下：GC含量为46.08%，重复序列占比为30.09%，98.5%的基因序列与fungi_odb10数据库中的基因序列一致（BUSCOs），共识质量得分为45.86，错误率为2.59 × 10^?5。功能注释结果显示该基因组包含9,818个蛋白质编码基因，其中包括807个细胞色素P450、464种碳水化合物代谢相关酶、808种分泌蛋白以及287个潜在效应蛋白。这一T2T基因组组装为研究Plenodomus lingam的致病性、效应蛋白进化及宿主适应机制提供了优质的基因组资源，也将推动植物-病原体共同进化领域的研究进展。