在单细胞转录组学时代，扩展经典的皮层细胞类型标记物

《Scientific Reports》：Expanding canonical cortical cell type markers in the era of single-cell transcriptomics

　　

摘要

细胞类型标记在人类大脑的生理和分子研究中发挥了重要作用，对于单细胞表达数据中的细胞类型聚类注释以及目标验证研究仍然至关重要。然而，目标细胞类型中这些典型标记的表达情况（我们称之为“表达忠实度”）以及在与目标细胞类型无关的细胞类型中的表达情况（我们称之为“背景表达”）在各个脑区之间的差异仍不明确。在这里，我们利用来自19项研究的近50万个高质量的单核和单细胞谱型数据，量化了这些标记的忠实度，发现了显著的区域差异。我们开发了一个统计框架，将注释后的标记信息汇总成伪批量谱型，应用了严格的性能评估指标，并识别出那些具有高忠实度、低背景表达且在不同脑区中表达一致性的标记。这种方法扩展了六种主要脑细胞类型的典型标记集，并获得了更精确的亚型特异性标记。所得到的标记列表以及用户友好的分析界面为神经科学研究中的细胞类型注释和验证提供了宝贵的资源。