通过RNA测序进行基因表达分析，揭示了黑斯拉沃尼亚猪肌肉内脂肪的调控因子

《Scientific Reports》：Gene expression profiling by RNA-sequencing reveals regulators of intramuscular fat in Black Slavonian pigs

　　

摘要

肌内脂肪（IMF）在决定肉质特性（如风味、嫩度和多汁性）方面起着重要作用。尽管已有许多研究探讨了商业猪品种中IMF的遗传基础，但关于地方品种的相关数据仍然较为有限。在本研究中，我们利用RNA测序技术分析了高IMF和低IMF的黑斯拉沃尼亚猪（一种以优质肉质著称的克罗地亚本土品种）之间的转录组差异。研究选取了14头IMF含量不同的猪的胸腰长肌（Longissimus thoracis et lumborum）样本，在屠宰后不久采集这些样本，将其保存在液氮中，并在-80°C下储存直至RNA提取。死后24小时，使用Soxhlet提取法（ISO 1443:1973）测定这些肌肉中的肌内脂肪含量。随后对这些样本进行了分析，以识别差异表达基因（DEGs）和富集的信号通路。共有519个基因表现出差异表达（p ≤ 0.05），经过假发现率校正后仍有457个基因保持显著性。高IMF组的基因表达上调，涉及脂质代谢（如SCD、ADIPOQ、CIDEC、FABP4）、PPAR信号通路和脂肪生成相关基因；而与肌肉结构和氧化代谢相关的基因则表达下调。功能富集和基因集富集分析显示，与脂肪酸生物合成、细胞外基质（ECM）重塑、血管生成和Notch信号通路相关的基因存在协调调控。值得注意的是，多个ECM相关基因（LAMA1、TIMP4）和血管生成因子（FGF2、NRP1）表达显著上调，这表明肌肉中脂肪细胞的扩张需要同时伴随血管和结构的适应性变化。此外，排名前三十的差异表达基因中，包括EHD2、NRG4、UTRN、FLNA和HMCN1，均为此前未与猪的IMF相关联的新候选基因，提示可能存在品种特异性的调控机制。这些基因与膜转运、旁分泌信号传导、细胞骨架重塑和ECM动态变化有关。我们的发现为地方猪品种中IMF的调控机制提供了新的分子层面的认识，并为通过增强肌内脂肪来改善猪肉品质的定向育种策略奠定了基础。