为培养的果蝇卵巢体细胞构建的参考基因组，有助于开展转座子和piRNA生物学的研究

《Genome Biology》：A reference genome for cultured Drosophila ovarian somatic cells enables studies of transposon and piRNA biology

　　

摘要

背景

准确重建重复基因组区域对于理解小RNA介导的转座子沉默机制至关重要。在果蝇卵巢体细胞（OSCs）中，作为核内PIWI–piRNA生物学的主要模型，依赖黑腹果蝇（D. melanogaster）的参考基因组（dm6）会掩盖不同细胞系特有的转座子插入情况以及piRNA来源位点的结构。

结果

我们生成了一个高度连续的OSC基因组从头组装版本，该版本揭示了与dm6显著不同的转座子分布特征。该组装完全解析了约700 kb的flamenco位点——OSCs中主要的piRNA簇，并生成了全基因组的转座子插入图谱。通过将这一组装结果与功能基因组学数据集整合，我们确定了OSC中的piRNA来源位点，证明了簇序列组成决定了转座子产生的piRNA类型，并展示了Piwi蛋白对异染色质形成的广泛影响。

结论

OSC基因组组装为解释该模型系统中的piRNA和染色质数据提供了精确的基因组框架。为了便于科研界使用这一资源来研究转座子调控和piRNA生物学，我们提供了一个集成的基因组浏览器和数据共享平台。