通过对RNA甲基化相关特征的整合分析，发现了一个由四个基因组成的预后预测标志物，并确定EPYC基因与低分化鳞状细胞癌（LSCC）的风险相关

《European Journal of Medical Research》：Integrated analysis of RNA methylation-associated signatures identifies a four-gene prognostic signature and EPYC as a risk-associated gene in LSCC

　　

摘要

背景

喉鳞状细胞癌（LSCC）是一种异质性恶性肿瘤，传统的分期和分级方法仍不足以实现精确的预后分层。RNA甲基化参与了肿瘤的进展，但其在LSCC中的生物学意义和预后价值尚不清楚。

方法

我们整合了164例LSCC患者和12个正常组织样本的转录组数据及临床信息，分析了35个与RNA甲基化相关的基因。通过共识聚类、最小绝对收缩选择算法（LASSO）和Cox回归分析，确定了分子亚型和预后特征。模型性能通过接收者操作特征（ROC）曲线和诺模图进行评估。随后进行了SHAP分析、免疫浸润分析和药物敏感性分析。EPYC基因通过体外实验、异种移植实验以及初步的METTL3相关m6A修饰分析得到了验证。

结果

在LSCC中发现了28个差异表达的基因，这些基因常伴有拷贝数变异（CNV）的增加，突变率为33.33%。确定了两种具有不同预后和生物学特征的RNA甲基化相关亚型。一个由4个基因（TFF2、S1PR4、STC2和EPYC）组成的特征组合对总体生存具有中等预测价值。EPYC在LSCC中表达上调，并与不良预后相关。EPYC基因的敲低在体外抑制了细胞的增殖、迁移、侵袭及上皮-间充质转化，在体内抑制了肿瘤生长。MeRIP-qPCR和METTL3基因敲低实验提供了初步证据，表明EPYC转录本可能经历METTL3相关的m6A修饰。高风险患者还表现出不同的免疫浸润特征和预测的药物敏感性谱型。

结论

与RNA甲基化相关的基因定义了LSCC中的临床相关亚型和4个基因的预后特征组合。EPYC是一个生物学上相关的风险相关基因，有初步证据表明其受到METTL3相关的m6A修饰。