为枣椰树（Phoenix dactylifra L.）的遗传多样性分析开发并筛选大规模简单序列重复（SSR）标记

《Genetic Resources and Crop Evolution》：Development and screening of large-scale simple sequence repeat (SSR) markers for genetic diversity analysis in date palm (Phoenix dactylifra L.)

　　

摘要

简单序列重复（SSR）标记在枣椰树（Phoenix dactylifera L.）的品种鉴定、种质资源特征描述和遗传多样性分析中仍然非常有用。本研究的主要目的是从更大的候选标记池中开发出一组经过验证的信息丰富的SSR标记，用于枣椰树品种的常规种质资源特征描述、多样性分析和分子指纹识别。该标记池主要基于Hamwieh等人（Acta Hort 882: 269–277, 2011）开发的基因组资源，并结合了之前发表的mPdCIR和PDCAT位点，在代表阿曼、科威特、巴林和沙特阿拉伯王国的17个枣椰树样本中进行了筛选。共筛选了868对引物，其中580对在阿曼进行了评估，288对在卡塔尔进行了评估。在阿曼筛选的标记通过片段分析进行评估，而在卡塔尔筛选的标记仅使用聚丙烯酰胺凝胶电泳进行评估。在阿曼筛选的引物中，有367对成功扩增，213对未能扩增；在成功扩增的位点中，274个为多态性位点，93个为单态性位点。在卡塔尔筛选的引物中，有196对成功扩增，其中67个为多态性位点，129个为单态性位点。最终用于多样性分析的基于等位基因的数据集包含367个SSR位点。标记信息量分析显示，平均多态性信息含量（PIC）为0.412，其中172个位点的PIC超过0.50，最具信息量的位点包括DPALM295、DPALM413、DPALM986、DPALM483和DPALM341。群体水平分析表明，阿曼的遗传多样性最高，且拥有最多的私有等位基因。分子方差分析（AMOVA）显示，80%的总变异发生在群体内部，20%发生在群体之间，表明存在中等程度的遗传分化。成对Fst值、Nei遗传距离、主坐标分析（PCoA）和聚类分析一致支持四个海湾地区之间的遗传结构差异。这些发现证实了大规模SSR筛选在识别稳定且信息丰富的位点方面的有效性，并为开发用于枣椰树指纹识别、种质资源管理和未来育种应用的简化核心SSR标记集提供了宝贵的基础。