综述：非编码RNA编码肽段的计算鉴定与表征：工具、数据库及计算机模拟策略

《Amino Acids》：Computational identification and characterization of noncoding RNA-encoded peptides: tools, databases, and in silico strategies

　　

摘要

曾经被视为转录副产物的非编码RNA（ncRNA）近年来因其参与基因调控的能力以及编码被称为ncRNA编码肽（ncPEPs）的功能分子的能力而受到重视。ncPEPs的发现为蛋白质组学和基因组学研究开辟了新的途径，揭示了之前未被探索的生物学机制。本文综述了用于识别所有主要ncRNA类别（包括长非编码RNA（lncRNAs）、环状RNA（circRNAs）和初级microRNA（pri-miRNAs）所编码的肽的计算工具、数据库和计算机模拟策略。此外，我们还介绍了公开可用的数据库，这些数据库汇总了来自多种物种的经过实验验证和计算预测的ncPEPs，从而实现了候选肽的系统性注释和交叉引用。通过强调当前面临的挑战和新兴的方法论，我们展示了计算方法如何不断推动我们发现非编码转录组中隐藏的功能肽的能力。这些发展为验证ncPEPs及其在多种系统中的生物学意义提供了框架。