从河床土壤中分离出的新种Hydrogenophaga sedimenti和Larkinella fluvii的系统基因组特征分析

《Current Microbiology》：Phylogenomic Characterization of Hydrogenophaga sedimenti sp. nov. and Larkinella fluvii sp. nov. Isolated from Riverbed Soil

　　

摘要

从韩国京畿道坡州市的河床土壤中分离出了两种菌株。其中，MI9^T菌株为革兰氏阴性、严格需氧的杆状细菌，具有鞭毛运动能力，能形成黄色菌落；而GY13^T菌株同样为革兰氏阴性、严格需氧的杆状细菌，但不具有运动能力，能形成粉色菌落。根据16S rRNA基因序列和基因组草图的系统发育分析，这两种菌株分别被归类为Hydrogenophaga属和Larkinella属。MI9^T和GY13^T菌株在30°C、pH 7.0以及不含0% NaCl的条件下生长最佳。MI9^T菌株的生长温度范围为10–30°C，pH范围为5.0–10.0，并能耐受最高1.0%的NaCl浓度；GY13^T菌株的生长温度范围为10–35°C，pH范围也为5.0–10.0，但仅在没有NaCl的情况下才能生长。对比分析显示，MI9^T菌株的平均核苷酸同一性（ANI）值为79.2%–87.8%，数字DNA-DNA杂交（dDDH）值为21.6%–29.1%，与Hydrogenophaga属的特征相符；而GY13^T菌株的ANI值为77.1%–94.7%，dDDH值为19.2%–54.3%，与Larkinella属的特征相符。系统发育数据、ANI和dDDH值以及生理生化特性共同表明，MI9^T和GY13^T菌株具有独特的特征，使其能够与其他属于Hydrogenophaga属和Larkinella属的物种区分开来。我们建议将这两种菌株分别命名为Hydrogenophaga sedimenti（模式菌株MI9^T = KACC 24145^T = TBRC 21213^T）和Larkinella fluvii（模式菌株GY13^T = KACC 24146^T = TBRC 21185^T）。

从韩国京畿道坡州市的河床土壤中分离出了两种菌株。其中，MI9^T菌株为革兰氏阴性、严格需氧的杆状细菌，具有鞭毛运动能力，能形成黄色菌落；GY13^T菌株为革兰氏阴性、严格需氧的杆状细菌，但不具有运动能力，能形成粉色菌落。根据16S rRNA基因序列和基因组草图的系统发育分析，这两种菌株分别被归类为Hydrogenophaga属和Larkinella属。MI9^T和GY13^T菌株在30°C、pH 7.0以及不含0% NaCl的条件下生长最佳。MI9^T菌株的生长温度范围为10–30°C，pH范围为5.0–10.0，并能耐受最高1.0%的NaCl浓度；GY13^T菌株的生长温度范围为10–35°C，pH范围也为5.0–10.0，但仅在没有NaCl的情况下才能生长。对比分析显示，MI9^T菌株的平均核苷酸同一性（ANI）值为79.2%–87.8%，数字DNA-DNA杂交（dDDH）值为21.6%–29.1%，与Hydrogenophaga属的特征相符；而GY13^T菌株的ANI值为77.1%–94.7%，dDDH值为19.2%–54.3%，与Larkinella属的特征相符。系统发育数据、ANI和dDDH值以及生理生化特性共同表明，MI9^T和GY13^T菌株具有独特的特征，使其能够与其他属于Hydrogenophaga属和Larkinella属的物种区分开来。我们建议将这两种菌株分别命名为Hydrogenophaga sedimenti（模式菌株MI9^T = KACC 24145^T = TBRC 21213^T）和Larkinella fluvii（模式菌株GY13^T = KACC 24146^T = TBRC 21185^T）。