杂草生物防治菌株Botrytis euroamericana HZ-011的全基因组分析

《Current Microbiology》：Whole-genome Analysis of the Weed Biocontrol Strain Botrytis euroamericana HZ-011

　　

摘要

为了明确Botrytis euroamericana HZ-011菌株的基因组信息，并筛选与杂草控制相关的功能基因，本研究使用第三代单分子测序技术对该菌株的DNA进行了全基因组测序。通过Hifiasm软件对三代测序数据进行了拼接和组装，利用GeneMarkS软件预测了基因组装结果，并通过BLASTTx程序将预测的基因蛋白序列与四个主要数据库进行比对以进行基因注释。结果显示，HZ-011菌株的基因总长度为4,402,230 bp，GC含量为41.72%。全基因组测序共预测出12,654个编码基因和385个非编码基因。基本注释结果显示，有12,250个基因得到了注释，占编码基因总数的96.88%。高级基因组注释结果显示，其中1,629个基因在CAZy数据库中得到注释，1,864个基因在PHI数据库中得到注释，其中54个基因与病原菌的致病性相关。此外，还预测出了59个次生代谢物合成基因簇和12,654个信号蛋白，其中1,088个为分泌蛋白，占预测信号肽蛋白总数的8.6%。HZ-011菌株的全基因组数据筛选出了大量与细胞壁降解酶和次生代谢物合成调控相关的基因。筛选出的萘类基因簇可能代表了一种新的致病物质，值得进一步深入研究。HZ-011菌株的全基因组数据为该菌株致病性调控基因的深入研究及其致病机制的探究奠定了良好基础。