1996年至2024年间孟加拉国达卡地区霍乱暴发的基因组进化及其与气候相关的驱动因素

《Communications Medicine》：Genomic evolution and climate related drivers of cholera surges in Dhaka Bangladesh between 1996 and 2024

　　

摘要

背景

霍乱是一种与气候相关的腹泻疾病，在孟加拉国达卡市呈地方性流行，经常引发大规模疫情。2022年，达卡市爆发了大规模霍乱疫情，导致霍乱病例数量急剧增加。尽管已有大量研究关注气候与霍乱之间的关系，包括致病菌Vibrio cholerae的基因组进化，但它们与病例激增之间的具体关联仍不明确。

方法

我们分析了1996年至2024年间icddr,b的腹泻病监测系统（Diarrheal Disease Surveillance System, DDSS）中的霍乱数据，并通过对新测序和存档的V. cholerae O1 El Tor菌株序列数据进行进一步基因组分析，研究了不同因素对达卡市每年霍乱病例激增的影响。

结果

DDSS数据分析显示了达卡市霍乱病例的时间变化情况，基因组分析表明V. cholerae持续进化。将霍乱病例数据与基因组数据进行关联分析后发现，多种V. cholerae谱系/亚谱系的共存，以及这些谱系在不同年份间的流动（包括新引入或重新出现的谱系），与达卡市的年度霍乱病例数量存在显著关联（p值≤0.05）。将霍乱病例与气候及基因组进化因素进行综合统计关联分析也得到了类似结果。

结论

本研究将气候因素和V. cholerae的基因组进化事件与达卡市霍乱病例的年际变化（如病例数量的增减）联系起来。