空间转录组学揭示了微环境对黑色素瘤治疗耐药性内在机制的影响

《Genome Biology》：Spatial transcriptomics reveals influence of microenvironment on intrinsic fates in melanoma therapy resistance

摘要

癌症治疗抵抗性既受细胞内在因素的影响，也受微环境因素的驱动。我们利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了黑色素瘤细胞中由细胞内在状态和肿瘤微环境共同塑造的多种抵抗机制。共识非负矩阵分解（Consensus Non-Negative Matrix Factorization）揭示了不同细胞系间共有的内在抵抗机制。在患者样本中，这些抵抗机制在同一肿瘤内部共存，并与多种免疫特征相关联。异种移植模型中的单细胞分辨率空间转录组学研究显示，肿瘤的抵抗命运既受内在因素影响，也受外在因素影响。这项研究表明，在不同的微环境中，治疗抵抗的命运共存，且组织特征会决定最终会采取哪种抵抗机制。