了解超沿岸海域Tylos ponticus（甲壳纲、等足目、Oniscidea科）中与肝胰腺相关的微生物群：基于下一代测序技术的见解

《Microbial Ecology》：Understanding Hepatopancreas-Associated Microbiota in the Supralittoral Tylos ponticus (Crustacea, Isopoda, Oniscidea): Insights from Next-Generation Sequencing Approaches

摘要

Tylos等足类动物仅分布于潮间带海滩，在严酷的海陆交界区域发挥着重要的生态作用，对木质纤维素的降解过程有显著贡献。本研究调查了来自意大利潮间带的Tylos ponticus（Grebnitzky, 1874）等足类的肝胰腺微生物群落，该区域以海草Posidonia oceanica的叶片堆积为特征。为了表征这种与微生物之间的相互作用，我们采用了三种下一代测序技术：16S rRNA基因宏条形码分析、培养的肝胰腺细菌的全基因组测序以及未培养细菌群落的鸟枪法宏基因组测序。比较分析显示，某些细菌类群与的肝胰腺相关，但也在生活的潮间带沙滩中被检测到。然而，微生物群落中的不同组分可能在肝胰腺内具有适应性。此外，通过组装和注释肝胰腺细菌的基因组，我们识别出了编码木质纤维素降解酶的基因，从而更好地理解了共生菌在木质纤维素降解中的作用。最后，我们的鸟枪法测序数据证实了的肝胰腺中存在一种未培养的Candidatus Hepatoplasma（Mollicutes）菌，其暂定分类为 Hepatoplasma cf. vulgare Tp。我们将这些数据与最近报道的来自等足类的未培养Hepatoplasmataceae科成员的宏基因组组装结果进行了比较，包括从半陆生等足类中分离出的Candidatus Tyloplasma litorale、从陆生等足类中分离出的Candidatus Hepatoplasma vulgare，以及从陆生等足类中分离出的Candidatus Hepatoplasma scabrum。在这种情况下，更深入地了解潮间带地区的嗜盐细菌对于应用研究具有重要意义，尤其是在与海洋生物质转化和塑料降解相关的生物技术领域。