《Cancer Science》：Spatial Transcriptomics and Bulk RNA-Seq Analysis Revealed Molecular Classification of Invasive Lobular Carcinoma
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浸润性小叶癌（invasive lobular carcinoma, ILC）是乳腺癌的特殊亚型，其组织学亚型形态多样且预后存在差异。相较于经典型ILC（classic-ILC, C-ILC），多形性ILC（pleomorphic-ILC, P-ILC）因高级
浸润性小叶癌（invasive lobular carcinoma, ILC）是乳腺癌的特殊亚型，其组织学亚型形态多样且预后存在差异。相较于经典型ILC（classic-ILC, C-ILC），多形性ILC（pleomorphic-ILC, P-ILC）因高级别核异型性及有丝分裂活跃而预后更差，但二者的分子差异尚未明确。为填补这一空白，研究人员对4例新鲜冷冻C-ILC样本及4例新鲜冷冻P-ILC样本开展空间转录组学分析，并通过批量RNA测序数据集验证结果可重复性。研究发现P-ILC中细胞热应激反应显著富集；进一步基于空间转录组中差异表达基因进行分子聚类，将ILC划分为增殖型（proliferative, PR）、免疫应答型（immunoreactive, IM）及基质富集型（stroma-rich, ST）三类分子亚型，各亚型对应不同预后结局。尽管这些分子亚型与C-ILC或P-ILC未完全对应，但PR亚型倾向于包含P-ILC，ST亚型倾向于包含C-ILC，且其特征与既往报道的亚型具有可比性。当前ILC治疗多与浸润性导管癌（invasive ductal carcinoma, IDC）相似，较少考虑分子亚型分类。本研究结果表明，分子分型较传统组织学分型更能精准反映预后，有望为ILC提供潜在诊断标志物及治疗靶点。
《Cancer Science》发表的该研究聚焦浸润性小叶癌（ILC）的分子异质性问题。ILC占乳腺癌的10%–15%，以E?钙粘蛋白（CDH1）缺失导致的细胞离散生长为特征，临床呈多灶性、双侧发病倾向，转移偏好卵巢与胃肠道。其组织学亚型中，经典型ILC（C?ILC）细胞形态均一、核分裂象少见，而多形性ILC（P?ILC）表现为高级别核异型及高增殖活性，预后显著更差。既往基因组研究显示P?ILC更易出现p53缺失及ERBB2扩增，但二者间的转录组层面分子差异仍不明确。此外，现有ILC临床治疗多参照浸润性导管癌（IDC）方案，缺乏针对其分子特征的精准分型体系，亟需通过新技术解析其肿瘤微环境与分子特征，为预后评估及靶向治疗提供依据。
研究人员共纳入8例未经治疗的原发性ILC患者样本（4例C?ILC、4例P?ILC），所有样本均来自日本国立癌症中心医院的生物样本库，同时独立收集20例管腔型ILC样本用于免疫组化验证。关键技术方法包括：采用10× Genomics Visium平台进行空间转录组测序，通过Space Ranger及Seurat流程完成数据归一化、降维聚类与差异基因分析；联合STdeconvolve与SpaCET两种无参考解卷积工具实现空间位点细胞类型注释；利用inferCNV包基于正常上皮位点推断拷贝数变异（CNV）；整合TCGA、RATHER（GSE68057）及METABRIC三个公共批量RNA测序队列（共424例ILC样本）进行分子分型验证与生存分析；通过基因集变异分析（GSVA）与基因集富集分析（GSEA）解析通路活性差异；采用免疫组化检测Ki67、αSMA、CD31及CD3的蛋白表达水平。
3.1 空间转录组图谱构建
研究人员通过整合8例ILC样本的空间转录组数据，共获得12099个有效位点，将其注释为癌主导、基质主导、内皮细胞、免疫细胞、基底细胞及混合位点六大类。癌主导位点的ERBB2表达与免疫组化结果存在部分不一致，可能源于mRNA与蛋白表达调控的差异。拷贝数变异分析显示癌主导位点CNV频率显著高于基质与基底位点。
3.2 癌主导位点的分子差异
对比C?ILC与P?ILC的癌主导位点，发现P?ILC显著富集细胞周期、DNA修复、PI3K?AKT信号及细胞热应激反应通路。假批量分析证实热应激反应基因在P?ILC中表达显著升高（p=0.029），而其余通路虽呈上调趋势但未达统计学显著性。
3.3 基质主导位点的分子差异
基质主导位点分析显示，P?ILC中血管生成、细胞外基质（ECM）重塑相关通路活性更高，上游调控因子PDGF?BB、VEGF、FGF2等表达上调；C?ILC则富集免疫调节相关通路，但假批量分析未发现组间统计学差异。
3.4 免疫特征比较
三级淋巴结构（TLS）评分在两组间无显著差异，但1例C?ILC样本（NCCLC6）呈现高细胞毒性T细胞与M1巨噬细胞浸润、高TLS评分的抗肿瘤免疫状态，而三阴性P?ILC样本（NCCLC3）则表现为Treg与M2巨噬细胞富集的免疫抑制微环境。
3.5 细胞互作差异
细胞通讯分析显示，C?ILC的整体信号互作数量与强度高于P?ILC。Midkine（MK）信号与巨噬细胞迁移抑制因子（MIF）信号在两类亚型中均为核心通路，其中MK信号输入在P?ILC癌主导位点更强，提示其促癌进展作用；MIF信号输出更强，参与肿瘤微环境形成。基底细胞是多效蛋白（PTN）信号的主要发送者。
3.6 空间结果的跨队列验证
在TCGA批量RNA测序队列中，P?ILC的G2/M检查点与细胞热应激反应的GSVA评分显著高于C?ILC，验证了空间转录组的发现。免疫组化结果显示P?ILC的Ki67阳性率显著高于C?ILC，而CD31、αSMA、CD3表达无组间差异。
3.7 ILC的分子分型
基于空间转录组衍生的基因集，在三个公共队列中将ILC聚类为PR、IM、ST三种分子亚型。PR亚型富集细胞周期与热应激通路，倾向于包含P?ILC、3级肿瘤及管腔B/三阴性亚型，预后最差；ST亚型富集ECM与血管生成通路，倾向于包含C?ILC、1级肿瘤及管腔A亚型，预后较好；IM亚型同时表达抗肿瘤与促肿瘤免疫标记。HER2阳性样本多归类于IM亚型，但ERBB2表达在PR亚型最高。干细胞标记NANOS1在PR亚型中表达趋势最高，高表达者总生存期较短。
讨论部分指出，本研究首次通过空间转录组揭示了C?ILC与P?ILC的分子特征，证实细胞增殖相关基因是区分预后的核心标志。尽管PI3K?AKT通路在ILC中高频突变，但其未成为分子分型的关键驱动因素；基质相关特征在P?ILC的单个位点中富集，但在批量样本中因肿瘤异质性被稀释。研究局限性包括空间分辨率未达到单细胞水平、依赖无参考注释工具、样本量较小等，但通过公共队列验证确保了分子分型的可重复性。该分子分型体系突破了传统组织学分型的局限，为ILC的精准预后评估与个体化治疗提供了新依据。
