AviTag-seq统一了CRISPR脱靶效应和AAV载体整合的核苷酸分辨率图谱

《Communications Biology》：AviTag-seq unifies nucleotide-resolution maps of CRISPR off-targets and AAV vector integrations

摘要

对基因编辑疗法进行全面的安全性评估需要量化脱靶切割和载体整合的情况。然而，目前依赖双链断裂（DSB）的检测方法在评估基于核酸酶的编辑工具时存在根本性局限，并且受到标签极性限制的阻碍。在这里，我们提出了AviTag-seq平台，该平台将AAV反向末端重复序列（ITRs）重新用作通用捕获标签。通过利用ITRs的单链发夹结构，AviTag-seq克服了极性问题，能够使用一对引物实现高灵敏度的检测，尤其是在诱导多能干细胞（iPSCs）中。重要的是，它能够捕获那些逃避传统检测方法的脱靶事件。在体内实验中，AviTag-seq在分析小鼠肝脏中Pcsk9的脱靶情况方面优于DISCOVER-Seq+，同时还能绘制AAV的整合位点。这种双重分析表明，与体外情况不同，体内的AAV载体更倾向于整合到活跃的基因启动子中，这突显了针对肝脏的基因编辑疗法所具有的特定基因毒性风险。因此，AviTag-seq为评估多种基因编辑方式提供了一个统一且符合监管要求的解决方案。

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