针对微生物和临床诊断的下一代测序技术：在社区获得性肺炎患者中，对痰液与支气管肺泡灌洗液进行的前瞻性对照研究

《BMC Infectious Diseases》：Targeted next-generation sequencing for microbial and clinical diagnosis: a prospective controlled comparison between sputum and bronchoalveolar lavage fluid in patients with community-acquired pneumonia

摘要

背景

准确识别导致成人社区获得性肺炎（CAP）的病原体是成功诊断和治疗的关键步骤。然而，有些患者无法耐受支气管镜检查，或者无法及时获取支气管肺泡灌洗液（BALF）。目前，靶向下一代测序（tNGS）越来越多地被用于病原体的检测。作为易于获取的下呼吸道样本，痰液tNGS在检测导致CAP的病原体方面的诊断效果尚不明确。

方法和设计

2023年8月至2025年5月期间，从四川省南布县人民医院呼吸与重症医学科招募了181名临床诊断为CAP的患者。每位患者在同一天采集了痰液和BALF样本。对这些样本进行了tNGS检测，以比较痰液tNGS和BALF tNGS在实验室微生物检测和病原体识别方面的诊断性能。

结果

本研究共纳入181名成年患者，其中男性98名（54.1%），女性83名（45.9%）。最终175名患者被诊断为CAP，6名患者患有非感染性疾病。在实验室微生物检测方面，痰液tNGS和BALF tNGS的总体微生物检测率分别为96.1%（174/181）和95.5%（173/181）。以BALF tNGS的微生物检测结果为参考，痰液tNGS在细菌检测方面的总体一致性较高（Kappa值：0.71）。而在真菌和病毒检测方面，一致性较低（Kappa值分别为0.47和0.44）。此外，以综合临床判断标准作为金标准，评估了痰液tNGS和BALF tNGS在诊断导致CAP的病原体方面的诊断准确性。痰液tNGS与BALF tNGS在诊断致病细菌、真菌、病毒、结核分枝杆菌和非典型病原体方面的总体一致性分别为0.70 vs 0.72、0.93 vs 0.93、0.81 vs 0.85、0.97 vs 0.98和0.99 vs 0.98。成本效益分析表明，痰液tNGS的成本显著低于BALF tNGS和传统的病原体检测方法（p?

结论

痰液tNGS在检测导致CAP的病原体方面的诊断准确性与BALF tNGS相当。该方法易于实施且成本较低，表明其可作为BALF tNGS或传统微生物检测的替代方法，用于CAP的早期快速诊断。