一种利用纳米孔测序技术、基于rRNA缺失的全长转录组分析策略，用于鉴定新型长链非编码RNA（lncRNA）异构体

《Communications Biology》：An rRNA-depleted full-length transcriptome strategy using nanopore sequencing for identification of novel lncRNA isoforms

摘要

长链非编码RNA（lncRNAs）在基因调控中起着关键作用，但由于基于poly(A)的富集技术和短读长测序方法的局限性，它们的全长异构体常常被遗漏。在这里，我们旨在利用Oxford Nanopore Technologies（ONT）的R10.4.1流式细胞仪建立一种全面的转录组分析方法，以捕获poly(A)+和poly(A)- RNA异构体。我们开发了一种去除rRNA的长链转录组测序流程（NanoncRNA-Seq），并结合Illumina NovaSeq技术，对酿酒酵母在葡萄糖和乙醇相关生理状态下的lncRNA异构体进行测序分析。我们结合多种分析工具来评估表达水平、剪接模式、变异以及lncRNA的鉴定。ONT测序具有较高的准确性（Q分数：22.35，99.42%），能够检测到更少的SNP和更多的新异构体，而Illumina测序则报告较少的INDEL（插入缺失）。不同平台之间的表达谱高度一致。值得注意的是，NanoncRNA-Seq能够实现异构体级别的lncRNA鉴定，并且比Illumina方法检测到更多的lncRNAs（NanoncRNA-Seq：n = 260；Illumina：n = 51），其中长链非编码RNA的数量更多（NanoncRNA-Seq：n = 201；Illumina：n = 25），这可能是因为低丰度转录本难以通过短读长数据重建。总体而言，NanoncRNA-Seq有效实现了全长lncRNA异构体的发现，并突显了ONT技术在转录组研究中的互补优势。

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