通过基于Af1521的质谱分析技术，解码由细胞因子驱动的ADP-核糖化信号网络，特别是那些不稳定的Glu/Asp连接结构

《Nature Communications》：Deciphering cytokine-driven ADP-ribosylation signaling networks via Af1521-based mass spectrometry analysis of labile Glu/Asp-linkages

摘要

ADP-核糖化（ADPr）是一种调控性的翻译后修饰，作用于九种氨基酸残基，但谷氨酸/天冬氨酸连接的ADPr（Glu/Asp-ADPr）具有不稳定性，使用传统的基于质谱（MS）的工作流程难以检测。通过合成肽的研究，我们发现酯键连接的Glu/Asp-ADPr在碱性条件下、高温下以及被野生型Af1521酶水解时会丢失。我们开发了一种酸性富集方法，该方法利用Af1521突变体来保留Glu/Asp-ADPr，从而实现位点特异性的全系统质谱分析。在细胞因子刺激的A549和HeLa细胞中，我们发现了超过600个Glu/Asp-ADPr位点和超过200个Cys-ADPr位点。Glu/Asp-ADPr标记了细胞质中的免疫相关蛋白网络，这与核内的Ser-ADPr不同。定量分析显示了可重复的结果，并且这些结果具有细胞类型和处理的特异性。PARP10介导的Glu/Asp-ADPr与泛素信号通路存在直接相互作用。干扰素处理显示，Glu/Asp残基上的抗病毒PARP网络发生了广泛修饰。综上所述，我们的工作建立了一种可靠的基于质谱的工作流程，并提供了位点特异性的ADPr修饰信息，揭示了先天免疫信号传导中的残基特异性ADPr修饰。