混合型的非靶向短读长序列测序与靶向长读长序列测序技术相结合，能够在单细胞水平上实现基因型与表型之间的关联分析

《Genome Biology》：Hybrid untargeted short-read and targeted long-read RNA sequencing facilitates genotype-phenotype associations at single-cell resolution

摘要

长读长单细胞RNA测序技术能够同时且无偏地检测转录组变异和基因表达，但其应用受到低读长覆盖率的限制，从而限制了单细胞分辨率下的基因型-表型分析。我们系统地评估了短读长全转录组扩增（SR-WTA）、长读长全转录组扩增（LR-WTA）和长读长靶向测序（LR-Twist）三种方法。基于这些比较，我们开发了一种结合SR-WTA和LR-Twist的混合策略，并将其整合到Snakemake流程中，以充分利用这两种方法的优点。SR-WTA能够提供广泛的转录组覆盖范围，而LR-Twist则能够富集50个基因的样本，从而实现更深入的变异检测。这种方法提高了在单细胞分辨率下将突变特征与转录程序关联起来的能力。