DNA甲基化与皮肤真菌红色毛癣菌（Trichophyton rubrum）和紫色毛癣菌（Trichophyton violaceum）之间的表型差异有关

《Brazilian Journal of Microbiology》：DNA methylation is associated with phenotypic divergence between the dermatophytes Trichophyton rubrum and Trichophyton violaceum

【字体：大中小】 时间：2026年06月02日 来源：Brazilian Journal of Microbiology 1.9

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　　摘要背景尽管基因组相似度很高，但进化上密切相关的皮肤真菌Trichophyton rubrum和T. violaceum表现出不同的病理生物学特性，这表明除了遗传因素外，表观遗传调控也起着重要作用。目的本研究旨在描绘T. rubrum和T. violaceum的全基因组DNA甲基

摘要

背景

尽管基因组相似度很高，但进化上密切相关的皮肤真菌Trichophyton rubrum和T. violaceum表现出不同的病理生物学特性，这表明除了遗传因素外，表观遗传调控也起着重要作用。

目的

本研究旨在描绘T. rubrum和T. violaceum的全基因组DNA甲基化图谱，并阐明表观遗传差异、转录程序与致病性差异之间的关联。

方法

我们对这两种真菌的临床分离株进行了全基因组亚硫酸盐测序（WGBS）和RNA测序（RNA-seq）的整合多组学分析。通过系统的生物信息学分析，我们识别出了差异甲基化区域（DMRs）和差异表达基因（DEGs），并探讨了它们的潜在功能关联。

结果

T. rubrum的全球DNA甲基化水平显著高于T. violaceum（平均±标准差：3.21%±1.52%；p<0.01，学生t检验），且非CG（CHH）序列背景的甲基化占主导。我们发现了681个DMRs，这些DMRs主要富集在启动子区域，并且在两种真菌之间有1,050个DEGs。此外，综合分析确定了11个关键基因，这些基因的启动子甲基化与表达之间存在强烈的负相关（Pearson r = ?0.78至?0.92，所有P<0.01）。这些基因可能参与关键通路，如毒力调节（例如C6转录因子）、多药转运（例如MFS转运蛋白）和营养代谢（例如氨基酸渗透酶）。

结论

本研究首次提供了皮肤真菌的全基因组DNA甲基化图谱，揭示了DNA甲基化与T. rubrum和T. violaceum的致病性差异之间存在显著关联。它们不同的甲基化组与转录调控相关，这与菌株特异性的药物反应、代谢和宿主相互作用有关，并为抗真菌治疗提供了潜在的表观遗传靶点。

背景

尽管基因组相似度很高，但进化上密切相关的皮肤真菌Trichophyton rubrum和T. violaceum表现出不同的病理生物学特性，这表明除了遗传因素外，表观遗传调控也起着重要作用。

目的

本研究旨在描绘T. rubrum和T. violaceum的全基因组DNA甲基化图谱，并阐明表观遗传差异、转录程序与致病性差异之间的关联。

方法

我们对这两种真菌的临床分离株进行了全基因组亚硫酸盐测序（WGBS）和RNA测序（RNA-seq）的整合多组学分析。通过系统的生物信息学分析，我们识别出了差异甲基化区域（DMRs）和差异表达基因（DEGs），并探讨了它们的潜在功能关联。

结果

T. rubrum的全球DNA甲基化水平显著高于T. violaceum（平均±标准差：3.21%±1.52%；p<0.01，学生t检验），且非CG（CHH）序列背景的甲基化占主导。我们发现了681个DMRs，这些DMRs主要富集在启动子区域，并且在两种真菌之间有1,050个DEGs。此外，综合分析确定了11个关键基因，这些基因的启动子甲基化与表达之间存在强烈的负相关（Pearson r = ?0.78至?0.92，所有P<0.01）。这些基因可能参与关键通路，如毒力调节（例如C6转录因子）、多药转运（例如MFS转运蛋白）和营养代谢（例如氨基酸渗透酶）。