整合转录组分析技术在肝细胞癌中发现了与LINC02365相关的调控网络

《Functional & Integrative Genomics》：Integrative transcriptomic profiling identifies LINC02365-associated regulatory networks in hepatocellular carcinoma

摘要

本研究旨在利用整合转录组分析技术，以Huh-7细胞作为肝细胞癌模型，探讨LINC02365基因敲低相关的候选调控网络。通过TCGA-LIHC和GEO数据集评估了LINC02365的表达情况，并通过qRT-PCR在Huh-7、SMMC7721、MHCC97-H和LO2细胞系中进行了验证。对LINC02365基因敲低效果稳定的Huh-7细胞进行了下一代RNA测序。通过差异基因表达分析、基因本体论（GO）富集分析、KEGG和Reactome通路分析、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析、转录因子注释、microRNA相关分析、融合基因检测、可变剪接分析以及免疫相关特征分析，确定了与LINC02365基因敲低相关的候选调控网络。结果显示，LINC02365在TCGA-LIHC和GEO数据集以及所研究的肝细胞癌细胞系中均呈上调表达。LINC02365敲低后的转录组分析揭示了广泛的基因表达变化。GO富集分析显示，该基因与上皮细胞增殖、细胞黏附相关过程、转录因子调控、炎症反应相关术语以及细胞外基质相关功能存在显著关联。KEGG通路分析确定PI3K-Akt信号通路是最显著的下游通路，而Reactome分析则突出了细胞外基质的组织作用。此外，LINC02365基因敲低还伴随着转录因子相关网络、microRNA相关网络、可变剪接事件、融合基因谱型以及免疫相关转录特征的广泛变化。这项整合转录组分析表明，LINC02365参与了Huh-7细胞中的多层次转录组和调控变化，为未来肝细胞癌的功能和机制研究提供了探索性框架。