摘要
癌症相关成纤维细胞（CAFs）是肿瘤微环境（TME）中的主要基质成分，在胃肠道（GI）癌症的进展、免疫反应和治疗抵抗中发挥着多种作用。然而，CAFs在各种GI癌症中的异质性、组织特异性和临床相关性尚未完全明确。我们整合了14个独立的单细胞RNA测序数据集（共包含239个GI腺癌样本），以确定CAFs的亚型。通过对18个转录组队列（3396名患者）应用基于机器学习的反卷积技术，我们估算了CAFs亚型的比例，并通过荟萃分析评估了其预后相关性。通过基因集富集、转录因子活性推断、伪时间建模、配体-受体分析以及空间转录组学等方法，研究了CAFs的功能状态、分化轨迹、细胞间通讯和空间组织结构。我们发现了8种具有不同转录程序和器官特异性分布的CAFs亚型。其中两种肌成纤维细胞亚型（myCAF1和myCAF2）与不良预后相关，其特征包括细胞外基质重塑、TGF-β信号通路激活、缺氧适应以及与免疫抑制性巨噬细胞的密切相互作用；同时，这些亚型的肿瘤细胞还表现出上皮-间充质转化和缺氧特征。相比之下，炎症性CAFs（iCAF1）与良好的预后相关，并且抗肿瘤免疫细胞的浸润增加。空间转录组学分析进一步表明，不同的CAFs亚型在GI TME中倾向于占据特定的空间区域。我们的研究表明，CAFs的功能状态和空间分布共同影响GI癌症患者的肿瘤进展和预后。由myCAF驱动的基质微环境会促进免疫抑制和不良预后，而平衡的炎症性CAFs亚型可能有助于抗肿瘤免疫反应。
利益冲突
作者声明没有利益冲突。
数据可用性声明
本研究的数据可应合理要求向通讯作者索取。
