通过基于竞争性内源性RNA机制的lncRNA-mRNA网络综合分析，识别阿尔茨海默病中的功能性长链非编码RNA（lncRNAs）

《Alzheimer Disease & Associated Disorders》：Identification of Functional lncRNAs in Alzheimer Disease by Integrative Analysis of lncRNA-mRNA Network Based on Competing Endogenous RNA Mechanism

摘要 通俗语言摘要

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背景：

新兴证据表明，非编码RNA（ncRNAs）在阿尔茨海默病（AD）的病理过程中起着关键作用。然而，长链非编码RNA（lncRNAs）在AD中的具体功能贡献和调控机制仍不清楚。

目的：

本研究旨在通过系统分析AD相关网络中的lncRNA-mRNA相互作用，利用竞争性内源性RNA（ceRNA）框架，阐明功能性lncRNAs在AD中的调控作用。

方法：

我们通过整合探针重新注释流程和实验验证的microRNA（miRNA）-lncRNA/mRNA相互作用，构建了一个特定于AD的lncRNA-mRNA网络。通过拓扑分析识别出关键lncRNAs，并应用双向层次聚类来定义功能模块。计算皮尔逊相关系数以评估lncRNA-mRNA对的关联模式。

结果：

采用结构化分析方法，我们在AD网络中识别出31个差异表达的lncRNAs和1045个mRNAs。拓扑分析显示SNHG12、MIR17HG和GAS5是核心调控节点，表明它们在网络稳定性和转录调控中可能发挥作用。通过聚类识别出一个功能一致的lncRNA-mRNA相互作用模块，该模块在多个与AD相关的信号通路中富集，包括神经炎症和突触功能障碍，这表明lncRNAs在疾病相关过程中具有机制性作用。此外，利用ceRNA模型，我们绘制了失调的ceRNA相互作用图谱，发现了AD与非AD状态之间ceRNA相互作用的显著差异，这可能反映了转录后基因调控的广泛紊乱。

结论：

我们的发现为AD中lncRNA调控网络的功能结构提供了关键见解，对其在疾病病理学中的贡献有了更深入的理解，并突出了潜在的生物标志物和治疗靶点。