通过正常结直肠活检的转录组分析，探究社区贫困与结直肠癌风险之间的机制联系 可购买

《Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention》：Interrogating the Mechanistic Link between Neighborhood Deprivation and Colorectal Cancer Risk through Transcriptomic Analysis of Normal Colorectal Biopsies Available to Purchase

摘要

背景：

根据社区贫困指数（NDI）定义的较高社区贫困程度与结直肠癌风险增加有关。然而，这种关联背后的生物学机制尚不清楚。

方法：

在俄亥俄州克利夫兰进行的一项横断面研究中，收集了非裔美国人（AA，n = 34）和欧洲裔美国人（EA，n = 23）在进行结肠镜检查时的正常结直肠活检样本（包括右侧和左侧结肠以及直肠）。使用limma从RNA测序中识别出与NDI相关的差异表达基因（DEG）。在弗吉尼亚州夏洛茨维尔，从AA（n = 4）和EA（n = 6）个体的活检样本中培养出正常结肠类器官，并每天用二甲双胍处理72小时，然后在limma中识别出与二甲双胍相关的DEG。

结果：

在AA和EA人群中，共有237个DEG与NDI显著相关，这些DEG存在于个体匹配的活检样本（右侧和左侧结肠以及直肠）中。在这237个与NDI相关的DEG中，有82个与公开可用的数据集中的结直肠癌肿瘤DEG重叠（P = 2.21E^?05），其中9个被确定为治疗靶点，包括MYC的过表达（Benjamini–Hochberg（BH）= 2.48E^?12）。二甲双胍处理还改变了其中28个基因的表达，约79%的基因表达方向发生了相反变化，包括MYC表达的降低（BH = 0.095）。

结论：

NDI与结直肠癌相关的转录差异有关。二甲双胍对基因表达的逆转作用，包括MYC的表达变化，表明二甲双胍可能通过调节NDI高相关基因的表达来降低结直肠癌风险。

影响：

与NDI相关的结直肠癌风险基因为未来在高风险人群中寻找生物标志物或早期治疗靶点提供了新的机会。

数据可用性

本研究中生成的数据已在Gene Expression Omnibus数据库中的GSE288724和GSE319878上公开。