摘要
在人类和小鼠中，每个效应/记忆T细胞克隆的T细胞受体（TCR）能够识别一种或几种配对的肽-MHC复合物（pMHC）。由于对TCR库特异性的了解有限，我们在诊断和临床前研究中难以合理解释这些信息。在这项研究中，我们（i）开发并验证了一种成本效益高的实验室和计算方法，用于识别针对特定肽的鼠TCR；（ii）生成了一个包含针对B16黑色素瘤新抗原的辅助T细胞（Th）TCR β链CDR3的数据集，这些数据集在I-Ab pMHCII背景下可用，并存储在VDJdb数据库中；（iii）应用该数据集来追踪在原位B16黑色素瘤模型中CTLA4阻断免疫疗法对T细胞反应的影响。我们发现，在携带肿瘤的小鼠中，B16特异性TCR基序在Th细胞和调节性T细胞（Treg）的库中均发生了扩增，尤其是在接受CTLA4阻断抗体治疗的小鼠中Th细胞亚群的扩增更为明显。不同小鼠对特定TCR基序和目标肽的反应具有随机性——每只小鼠都表现出独特的反应模式，这可能反映了抗肿瘤免疫背后的分子途径的天然多样性。我们还发现，CTLA4阻断能够促进Th细胞的克隆扩增，并诱导非肿瘤特异性的Th细胞向Treg细胞的转化。总体而言，我们提供了一种通用的方法，用于在抗原特异性水平上研究小鼠的T细胞反应，从而有助于免疫疗法和疫苗开发与验证。
数据可用性
所有数据均可在Figshare上获取：https://doi.org/10.6084/m9.figshare.24637356.v1。已识别的B16新抗原特异性TCR数据集可在VDJdb数据库（https://vdjdb.cdr3.net/search）中找到；详情请参阅https://github.com/antigenomics/vdjdb-db/issues/397。原始RNA-seq数据可在NCBI序列读取档案（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=PRJNA1420533）中获取。
