黑腹果蝇自然种群中多样的肠道病毒组

《Animal Microbiome》：A diverse gut virome in natural populations of Drosophila melanogaster

　　

摘要

背景

黑腹果蝇不仅是无脊椎动物中抗病毒免疫最重要的模型之一，也是研究肠道微生物组的强大工具。尽管最近的研究不断加深了我们对果蝇肠道微生物群的认识，但微生物组中的病毒成分仍尚未得到充分探索。

结果

在这里，我们利用深度宏基因组DNA测序技术研究了黑腹果蝇肠道微生物组中的病毒成分。我们发现了3040个非重复的病毒片段，其中大部分是与细菌病毒相关的序列，最终构建了167个病毒宏基因组。这些序列与已知病毒的相似性较低，主要包括与有尾双链DNA病毒谱系相关的细菌病毒，并且可能与黑腹果蝇的主要肠道细菌（如乳酸杆菌、醋酸杆菌和葡萄糖杆菌）存在关联。通过功能注释和辅助代谢基因的发现，我们认为这些细菌病毒可能具有与微生物代谢和遗传信息处理相关的功能潜力。我们还检测到了已知的果蝇病原体Drosophila Kallithea nudivirus、Vesanto bidna-like virus和Drosophila Linvill Road densovirus的存在的证据，其中一些病原体在我们研究的果蝇群体中较为常见。

结论

我们的研究结果揭示了黑腹果蝇肠道微生物组中复杂多样的病毒群落，为研究自然微生物群落中的宿主-病毒相互作用奠定了基础。