从Gastrodia elata的菌根际中分离出的Rahnella aceris HPDA25的全基因组序列

《BMC Genomic Data》：Whole-genome sequence of Rahnella aceris HPDA25 isolated from mycorrhizosphere of Gastrodia elata

　　

摘要

目的

Gastrodia elata的生长、发育以及活性化合物的积累受到其菌根际细菌的影响，这些细菌通过促进兰花菌根真菌Armillaria gallica的生长，间接增强了宿主的营养。然而，关于G. elata菌根际细菌群落的数据，尤其是关键功能菌株的数据仍然有限，这限制了它们在药用植物栽培中的应用。在这里，我们报告了促进植物生长的细菌Rahnella aceris HPDA25的完整基因组序列，该菌株是从G. elata的菌根际中分离出来的，并且能够促进A. gallica的生长。

数据描述

本文介绍了从Gastrodia elata的菌根际中分离出的Rahnella aceris HPDA25的基因组序列。R. aceris HPDA25的基因组是使用PacBio Sequel平台进行测序的，组装成一个5.63 Mb的基因组，包含一个环状染色体和两个环状质粒，其N50 contig大小为4.98 Mb。使用CheckM v1.2.3软件估计，基因组的完整性和污染程度分别为100.00%和5.46%。基因预测发现了多种基因组特征，包括tRNAs、rRNAs、CRISPR位点、基因组岛和噬菌体。通过与公共数据库的功能注释，发现了大量与基因本体（GO）术语、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路和同源群簇（COG）类别相关的基因，以及与抗生素抗性、毒力和病原体-宿主相互作用相关的基因。这一数据集加深了我们对G. elata菌根际中细菌群落的理解，并为研究HPDA25促进真菌和植物生长的机制提供了基因组资源。