综述：将全基因组测序整合到抗菌素耐药性监测中的策略

《BMC Genomics》：Strategies for integrating whole-genome sequencing into antimicrobial resistance surveillance

　　

摘要

背景

抗菌素耐药性（AMR）是一个重大的全球公共卫生挑战，需要改进诊断程序和实施战略性监测。这种监测对于监测耐药性趋势、制定临床和公共卫生策略以及指导管理干预措施至关重要。

正文

基于培养的敏感性测试和基于靶向基因扩增的分子方法仍然是传统的监测技术。然而，这些方法在劳动力和时间要求方面存在局限性，且分辨率较低，因此全基因组测序（WGS）成为一种强有力的补充手段，能够高分辨率地检测耐药决定因子、毒力因子和移动遗传元件。将WGS整合到监测系统中受到生物信息学能力、标准化和可解释性的限制。本文介绍了五个关键领域的生物信息学工具，即病原体鉴定、分子流行病学、耐药基因检测、毒力分析以及移动遗传元件分析，并提供了适用于网络环境和本地安装环境的结构化工作流程。

结论

通过展示基于WGS的方法的实用性和互补性，我们提出了一个基于基因组学的AMR监测框架。这些工具的广泛实施，结合先进的用户友好界面和自动化技术，有助于加强病原体监测工作，并提升全球应对AMR的能力。