多组学分析揭示了在肾损伤微环境中由上皮间质转化（EMT）驱动的成纤维细胞活化过程

《Cellular and Molecular Life Sciences》：Multi-omics profiling reveals EMT-driven fibroblast activation in the renal injury niche

摘要

持续的肾损伤为成纤维细胞的激活创造了条件。然而，由于肾损伤微环境的复杂性，驱动成纤维细胞激活的机制仍不甚明了。在这里，我们利用单核RNA测序数据和空间转录组数据来研究肾损伤中成纤维细胞激活的机制。通过整合来自80个样本的619,137个单细胞核，我们识别出了肾损伤环境中的10种成纤维细胞亚型。FIB_EMT（上皮-间充质转化成纤维细胞）亚型的特点是与EMT相关的基因程序、TGF-β信号通路和细胞外基质（ECM）评估的评分升高，并且与较差的肾功能相关。我们的分析表明，SOX4可能通过上调EMT和ECM相关通路来促进FIB_EMT亚型的激活。在急性损伤中，FIB_EMT亚型与具有间充质细胞特征的CYP24A1⁺下行细支细胞（DTL）亚型之间的相互作用增强。此外，空间转录组数据的分析进一步显示，FIB_EMT亚型以及EMT和ECM特征，还有CYP24A1⁺ DTL亚型主要集中于肾乳头区域。这些发现为肾损伤中成纤维细胞激活的机制提供了重要的见解。