《The Lancet Regional Health - Americas》：Genomic epidemiology of dengue virus serotype 3 lineage 3III_B.3.2 in Brazil: insights into its spread and dengue severity amid co-circulation of multiple dengue serotypes
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背景：在沉寂十余年后，DENV-3（登格病毒血清3型）于2023年因新检出的谱系lineage 3III_B.3.2在巴西重新出现。阐明该DENV-3谱系的传播模式及其对公共卫生的影响，在巴西登格高地方性流行（hyperendemic）背景下至关重要。本研究旨
背景：在沉寂十余年后，DENV-3（登格病毒血清3型）于2023年因新检出的谱系lineage 3III_B.3.2在巴西重新出现。阐明该DENV-3谱系的传播模式及其对公共卫生的影响，在巴西登格高地方性流行（hyperendemic）背景下至关重要。本研究旨在调查该新谱系在巴西的时空扩散特征及其流行病学影响。方法：研究人员新测定了采自巴西9个州的87条近全长DENV-3基因组序列，并与公共数据库序列联合分析。通过系统地理学重建推断lineage 3III_B.3.2的引入事件与空间扩散。同时利用2023–2025年登格病例报告数据拟合多因素Logistic回归模型，校正人口学及时空协变量后评估不同DENV血清型与重症登格（severe dengue）的关联。结果：研究发现2023–2024年间lineage 3III_B.3.2至少14次独立传入巴西，随后分化为6个具地域特征的进化支（clade）。对经RT-qPCR确诊登格病例的流行病学分析显示，以DENV-1感染为参照，DENV-2所致重症登格校正优势比（adjusted Odds Ratio, aOR）为1.24–1.71，DENV-3为1.47–1.94（不同模型设定下）。为评估近期异型继发感染的影响，研究人员对≤2岁婴幼儿进行敏感性分析（校正混杂因素），显示DENV-2与重症登格存在显著关联，而DENV-3的估计值无统计学意义。解读：结果揭示lineage 3III_B.3.2呈多次引入、区域结构化传播模式——这与巴西其他DENV血清型/谱系的传播历史相似。尽管DENV-2和DENV-3与重症登格的关联可能受异型继发感染（secondary heterotypic infection）中抗体依赖增强（Antibody-Dependent Enhancement, ADE）影响，但研究强调多血清型共同流行可加重流行严重程度，需持续开展DENV基因组监测。
本文对发表于《The Lancet Regional Health – Americas》的论文《Genomic epidemiology of dengue virus serotype 3 lineage 3IIIB.3.2 in Brazil: insights into its spread and dengue severity amid co-circulation of multiple dengue serotypes》进行解读与总结。
研究背景与目的
自2010年起，登格病毒血清3型（Dengue Virus Serotype 3, DENV-3）在巴西占比不足1%，基本处于低水平循环。然而2023年，一个新的DENV-3亚型谱系——lineage 3IIIB.3.2（属基因型III，Genotype III）在巴西亚马逊地区（罗赖马州Roraima, RR）被检出并引发再流行。由于距上次DENV-3大规模流行已逾15年，约4000万15岁以下巴西人群对此血清型无免疫力，且当前巴西正处于DENV-1、DENV-2及DENV-4多血清型共同流行（co-circulation）的高地方性（hyperendemic）状态，异型继发感染导致抗体依赖增强（Antibody-Dependent Enhancement, ADE）及重症风险上升。既往对该新谱系的引入路径、国内扩散模式及其是否加重疾病严重程度均不清楚。因此，研究人员整合全基因组测序数据与全国法定传染病报告系统（SINAN）资料，旨在阐明DENV-3 lineage 3IIIB.3.2在巴西的引入次数、时空扩散动力学，并评估其与登格重症（severe dengue/dengue with warning signs）的流行病学关联。
主要关键技术方法
研究人员与巴西多个州中央实验室（LACEN）及市级分子生物学实验室合作，收集2023年10月–2025年4月经RT-qPCR确诊的DENV-3临床标本（Ct＜30），新测序获得87条近全长DENV-3基因组（采用Illumina扩增子法建库及测序，比对参考株NC_001475.2组装），联合GISAID中已发表的DENV-3 Genotype III序列进行质量控制与谱系注释（Nextclade），保留lineage 3IIIB.3.2序列构建最大似然（Maximum Likelihood, ML）进化树（IQ-TREE v2）。贝叶斯系统地理学分析（Bayesian Phylogeography, BEAST X v10.5.0）以离散性状连续时间马尔可夫链（Continuous-Time Markov Chain, CTMC）模型推断病毒跨地点迁移及引入次数，经Markov jump汇总扩散方向。流行病学部分提取巴西全国SINAN登格通报数据（2016–2025年，经microdataSUS包），限定2023–2025年RT-qPCR分型病例，以"有警示征登格+重症登格"为二分类结局，拟合多因素Logistic回归（校正年龄分组、性别、肤色/种族、基础合并症、通报年份及血清型，以DENV-1为参照）；为减小异型继发感染干扰，对≤2岁婴儿做敏感性分析；另以混合效应Logistic模型纳入各州月度通报率作随机截距进行验证。
研究结果
空间分布 of DENV-3 cases（DENV-3病例空间分布）
研究人员依据SINAN中RT-qPCR分型数据估算发现，2023–2025年DENV-3发病率从巴西北部（罗赖马州RR、阿马帕州AP）逐渐向中西部（南马托格罗索州MS）、东南部（米纳斯吉拉斯州MG、圣保罗州SP）及南部（巴拉那州PR）扩散；DENV-3始终未成为主导血清型，其在不同地区RT-qPCR确诊中占比为北部约30%（2023下半年）、东南部约38%（2024下半年）、南部约25%、中西部约24%（2025年中），东北部仍低于5%。
Genomic surveillance（基因组监测）
新测87条基因组均被判定为lineage 3IIIB.3.2，覆盖巴西7个州，联合公共数据库共156条巴西序列（12个州，2023年1月–2025年4月）。贝叶斯系统地理学推断2023–2024年lineage 3IIIB.3.2至少14次独立引入巴西，其中6个主要进化支（Clade 1–6）在当地形成持续传播。Clade 3最早出现（2023年1月，95% HPD 2022年10月–2023年3月），最可能源于古巴（posterior state probability, psp＝0.87）传入圣保罗州SP并扩至MS与MG；Clade 2（2023年6月，源于哥斯达黎加/美国）由SP传入PR；Clade 5（2023年8月，源于多米尼加共和国，psp＝0.99）在PR扎根并向ES及SP扩散；Clade 4（2023年9月，源于圭亚那/RR）进入伯南布哥州PE；Clades 1与6此前报道出现于MG。大多数境外引入源可追溯至加勒比海地区或其影响下的沿海国家。
Epidemiological findings（流行病学发现）
在DENV-3、DENV-2比例上升的州，重症构成比同步升高。以DENV-1为参照，在多因素Logistic回归中DENV-2的重症校正优势比（aOR）为1.24–1.71，DENV-3为1.47–1.94（均p＜0.05，除南马托格罗索州MS中DENV-3不显著），圣保罗州SP中DENV-3致重症风险显著高于DENV-2（aOR 1.55, 95% CI 1.41–1.71, p＜0.001）。已知重症危险因素还包括存在合并症、＜5岁幼儿及＞65岁老年人、10–14岁青少年。肤色黑/混血/土著族群相比白人/亚裔显示较低重症OR（SP与MS），未知肤色记录者也呈类似趋势。年份方面2024–2025年多数州重症OR高于2023年（SP相反，可能与RT-qPCR检测偏重重症有关）。≤2岁婴幼儿敏感性分析中，DENV-2仍与重症显著相关（aOR 1.73, 95% CI 1.02–2.91, p＝0.039），而DENV-3无统计学显著关联（可能与该年龄段DENV-3 RT-qPCR确诊数少致检验效能不足有关）。混合效应模型结果与前一致。
讨论与结论（翻译浓缩）
本研究通过全国代表性采样和系统地理学分析揭示，DENV-3 lineage 3IIIB.3.2在巴西经历多次独立境外引入（多源自加勒比海地区），早期虽现身北部但其他区域流行主要源于后续独立跨境输入，并在圣保罗州等交通枢纽州形成区域进化支后进一步向邻州扩散，部分州存在约5–8个月隐匿传播期。多因素回归显示，即便校正人口学与时空因素，DENV-2与DENV-3感染较DENV-1关联更高重症odds，其中DENV-2在≤2岁婴儿中仍显示原发感染致重症风险，提示其内在毒力或致病性值得关注；DENV-3整体人群的重症关联不能完全排除受异型继发感染（ADE）放大。多血清型共同流行加剧了巴西登格疫情严重程度。研究局限性包括北部州基因组采样偏少可能影响系统地理推断精度，SINAN存在漏报及RT-qPCR非随机检测偏倚（结果适用于经分子检测人群而非所有确诊者）。总之，lineage 3IIIB.3.2呈现多次引入与区域结构化传播特征，DENV-2和再流行的DENV-3可能提升重症负担，强化持续DENV基因组与临床监测尤为必要，尤其对疫苗真实世界效力评估及未充分采样的北部/东北部地区。
（注：原文作者为Caroline do Nascimento Ferreira, Carla Adriane Royer, Camila Confortin等，通讯及牵头单位为Funda??o Oswaldo Cruz, Instituto Carlos Chagas, Laboratório de Virologia Molecular, Curitiba, Brazil）
